不过由于吴港频繁遭到美机轰炸，日军计划受到干扰。而在去巴拿马的海路上，美军也布下重兵。美国还先发制人，调集3000多艘舰船，准备对日本本土 发动攻击。鉴于日军极度缺乏柴油，后来日本军部下令，取消轰炸巴拿马运河的行动，改为攻击美军在西太平洋上的前进基地乌利西环礁。其实，1945年才服役 的4艘航母潜艇已经无力扭转局势，只能绝望地看着美国人不断前进，并把核弹扔到广岛和长崎。而且，当年6月美军已占领冲绳，并有14艘航母聚在乌利西环 礁，准备与日军大战。
日本无条件投降一周后，日本航母潜艇收到最后命令：毁掉潜艇编队的所有武器和重要文件。于是，"伊-401"号销毁了所有图表、代码组、日志以 及重要文件，并射空全部鱼雷。"伊-400"号也做了类似处理。"伊-401"随后被美军带到夏威夷。在那里，美国海军专家进行了检查，他们对日军技术的 先进感到惊讶。为防止苏联等共产主义国家获得这些机密，1946年5月，美军将这些航母潜艇毁掉，沉入海底。
