这种潜艇的缺陷是：机库如此沉重，使得潜艇有翻船的危险。因此，设计师采用横向双筒结构。艇尾的乘员舱室恢复为单筒，艇首还有两个鱼雷舱，潜艇 上可以容纳140名船员和飞行员。这种航母潜艇长293英尺，水上排水量3500吨，水下6500吨，是二战期间最大的潜艇，只有1959年的本杰明·富 兰克林级核潜艇再次达到类似规模。
航母潜艇项目受到日军高度重视。1942年1月13日，山本决定上这个怪物项目。同年4月18日，它已经成为日本海军的优先项目，也是在这一 天，美国空军越过浩瀚的太平洋直接轰炸了东京。次年1月，日军正式开工建造航母潜艇。日本制订的第一个作战计划是，利用航母潜艇和轰炸对美国西海岸城市进 行生化攻击。考虑到使用生化武器的恶劣影响，日本后来将计划改为轰炸旧金山、华盛顿或纽约等城市。随着美国的优势越来越明显，日本又改变计划，把目标指向 巴拿马运河，以便让美国海军数月内无法通过该运河输送兵力。日军还向当年参与设计巴拿马运河的一位日本工程师"取经"，并在吴港专门制成加通水闸的模型， 用以演练攻击套路。
