但是，东条英机所说的杉山元已经自杀了，永野修身1947年1月病死在巢鸭监狱了，惟一知道真相的，只有东条英机。但他说的就是事情本来的真相吗？韦伯在提出这个尖锐而又敏感地问题之后，突然终止了讯问。这成为远东国际军事法庭进行中一个非常引人注目的话题。于是，世界各地的舆论纷纷做出猜测，认为盟军政策将要出现重大变化，日本天皇有可能受到审判。
就在几天前的1947年12月26日下午，东条英机的辩护人清濑一郎穿着高腰军靴为被告做开头陈述时仍旧十分嚣张。法庭传唤东条英机，在例行公事的宣誓后，东条英机开始读他的口供书。这份口供书长达220页，四易其稿，弥漫着一股日本记者形容的"东条腔调"。口供书读了三天，除了开头部分是他自己读之外，其他的由美国辩护律师布鲁韦特(Blewett)代为宣读。
辩护律师清濑是一个著名的日本反动政客。在战前日本法西斯军阀统治时期，他是一个相当重要的帮凶。参加审判的中国法官梅汝感慨道："这样一个人竟被允许在远东法庭当辩护律师是令人惊异的。这种事情在纽伦堡法庭是不可能发生的；在那里，所有被告辩护律师都要经过严格的审查，凡是与希特勒纳粹匪帮有任何严重瓜葛的人都不准担任辩护律师的职务。可是远东法庭忽视了这一点，造成了律师们气焰嚣张的恶劣现象。"东条英机的美国辩护人是布鲁韦特，他是哥伦比亚大学校董之一，他是一个富有资财的美国律师，在东京法庭的美国辩护人中是资望最深的一个。
口供书主要内容是东条英机为自己和日本军国主义辩护，他在口供书中说：日本并没有预先计划对英美发动战争；发动太平洋战争是迫不得已的自卫行为，除了战争已无别的选择；推行大东亚共荣圈是根据亚洲各民族意愿做出的，不是侵略，是解放；至于掠夺这些被侵略国家的资源，虐待这些国家的人民是战争的需要；所谓"军阀"是不存在的；天皇对于开战没有责任；日本的战争没有违反国际法，做梦也没有想到由战胜者进行审判。东条英机的口供书立即遭到国内外的批判、攻击。美国的《纽约时报》斥责东条的自卫战争是强盗理论。
敏感话题：天皇为何免予起诉？
在远东国际军事法庭审理过程中，日本天皇裕仁的确是一个法庭无法绕开的焦点人物。但是，在韦伯直接讯问东条英机的第二天，远东国际法庭开庭后，韦伯正式宣布，远东国际军事法庭不起诉日本裕仁天皇，至于在前一天晚上，究竟发生了什么事情，从现存的史料中无法找到准确答案。
但远东国际军事法庭从一开始就确定了一个方针，那就是，不起诉日本天皇裕仁，这是得到美国政府支持的，所以，法庭检察方面和辩护方面通常都在这个问题上保持一致，即对于裕仁天皇的评价不置一词。
作为首席检察官的季楠和作为远东国际军事法庭庭长的韦伯，就个人的政治观点，主张要把日本天皇推上历史审判台，这从他们陆陆续续发表的谈话里可以清晰地看出来。有研究日本史的学者推测，季楠和韦伯就是故意在审判进行到最关键的时刻，把矛头引向日本天皇，但他们也知道，如果继续下去，将得不到美国政府的任何支持，所以也就及时收场了。
美国研究者戴维·贝尔加米尼根据各种史料分析了当时的各方立场。韦伯经常在法官室里举行的庭议中指出，木户内大臣的日记表明，在珍珠港事件前八天，裕仁拒绝了他弟弟高松宫最后一次向他提出的重新考虑进攻计划的请求。裕仁之所以这样，是因为他已经从参谋本部的首脑们那里得到保证，即日本有战胜的希望，或起码可以由此而谈判一项有利于日本的和平条件。通过不同的证词，韦伯获知，裕仁曾详细地复审并批准攻击珍珠港的计划，而且早在攻击之前就凭自己的意志签署了必要的宣战诏书。韦伯还获知，在堪培拉的本国政府已经退一步承认了美国检察团有权选择需要审判的人。就季楠而论，他把美国的信誉押在一项并无真凭实据的前提上：在日本，除了站在被告席上的一小撮之外，其他任何人对战争都不负重大责任。
季楠向报界做了他曾多次做过的说明："经过彻底调查，没有可资利用的证据指控天皇参与了阴谋。"韦伯对此做出反应，他向自己的记者们透露说，"早在决定哪些人应该接受审判和哪些人不应该接受审判时，就业已决定了不审判天皇。至于这合理与否，无疑是一个见解问题，如果坚持国家首脑应为大臣们的行为负责的原则，那么，起码他应该接受审讯"。
当审讯渐进尾声，必然要求宣判被告绞刑、徒刑或无罪释放的时刻日益逼近时，季楠感到越来越难以坚持他的立场。1947年12月，东条英机为自己进行辩护。"尽管他甘心充当替罪羊，但是，从投降以来，他遭受的诽谤实在令人不堪忍受。"报章报道了天皇本人诬陷东条违抗御旨。日报报刊的社论作者们称东条为懦夫，因为他用手枪而不是用短剑自杀，而又自杀未遂。东条的家属被人当成了麻风病人，而且手头拮据。两个月前，他的兄弟因为在高架铁路上偷了一袋米而被捕。
美国起诉律师约翰·W。菲赫利曾负责在狱中侦讯东条，了解他这个案子的复杂原委。在1947年的最后一天，辩护律师洛根在直询东条时提出了这样一个问题："就你所知，有没有这样的情况，即木户男爵在行动上或献策时曾违背天皇要求和平的意愿？"东条回答道："就我所知，从来就没有过这种情况，我还想进一步说明，没有任何一个日本臣民能违逆天皇陛下的旨意，日本政府或日本国的高级官员尤其如此。"
季楠把他那位正在家休假的王牌证人田中隆吉召回来，命令他马上到巢鸭监狱去见东条。由于东条不肯让步，田中又赶到皇宫，向木户的前秘书宫长、现任天皇顾问松平康昌说明了情况。松平旋即与他的同僚们进行磋商，经裕仁批准，给在押的木户送去了信息。木户的牢房跟东条的牢房毗邻，他开始跟东条谈判。他们慢吞吞地在院子里散步，木户开门见山地告知东条，并许诺说，东条家属的处境将得到改善。而东条只得听命，因为这位身材矮小、眼睛近视的木户即使身陷囹圄，也是裕仁的代表。经过两天的谈话，东条让步了。当他再次出庭继续受季楠反讯时，他在诱导下承认，他曾说服天皇发动战争，并可能因此而迫使裕仁违心地行事。
美国研究者对东条处境的评价是：战败的东条--他被捕时企图自杀未遂--在他的被告伙伴中起到了榜样作用，他又得到了日本人的尊敬。他注意听他的起诉人说的每一句话；抓住美国起诉律师无数的思想方面的矛盾，政治上的伪善，明显的错误事实。他的这种精神和指桑骂槐的机智，连首席检察官季楠也不得不表示钦佩。他可能是参与许多暴行的官僚共谋犯，但不可否认他是一个自尊自重和镇定自若的人。他出于爱国心而承担替罪羊的角色，使自己的家属感到不胜负担之苦时，他毫无顾忌地暗示--他下令搞的罪行没有一项不经过裕仁授权。裕仁保证务必要改善东条家属的抚养后不久，东条撤销了他的暗示，再肩负他不胜负担的义务，一直挑到他上绞刑架。
1948年1月7日对东条英机的审讯结束。远东国际军事法庭最终认定，被告东条英机自1937年出任日本关东军参谋长以后，他在共同阴谋策划者的几乎所有活动中，作为主谋之一，他与其他被告串通共谋实施了犯罪。法庭判定他有罪。
疯狂岛国的"马背首相"
就单纯的个人权力而言，东条英机和阿道夫·希特勒以及本尼托·墨索里尼并不在一个等级上，他只不过是一个幽灵集团的领导性代表人物。这个集团由高级陆军军官组成，控制着日本政府。
对于同盟国来说，东条英机是恶魔的化身。西方的媒体和盟军的宣传部门说他是"邪恶的、危险的、残酷的"，是"一个带着东方神秘主义色彩的希特勒"。对他的描述多种多样，如"子弹头东条"、"鹰钩鼻加秃脑袋东条"；还有的把他说成"陆军中的希姆莱"。
事实上东条是一个十分普通的人，他的显赫之处主要在于家世。他的祖父是一位武士，而他的父亲在还是一个少年时，尽管作为武士的传统特权被取消了，但参加了士官培训学校，1937年后，他以中将的军衔从日本皇家陆军退役。东条本人从15岁开始了他的军事生涯，然后缓慢但平稳地不断升迁，沿着一条并不令人惊异的道路直到陆军大臣的位置，然后又被陆军选中，于1941年担任首相。由于每天早上都要习惯性地骑马外出，巡视东京市民的战时工作，东条英机很快就得到了一个"马背首相"的雅号。
珍珠港事件发生时，东条英机57岁，身高五英尺四英寸(1.65米)，体重大约155磅(70公斤)，头顶差不多已经全秃了，戴着厚厚的角质架眼镜。
在军事事务方面，东条英机十分敏锐、果决，极为自信。在这种情况下，东条英机身上兼任着多得惊人的职衔，担任首相的同时，他还保留着陆军大臣的位置，同时还继续担任着陆军将军的工作。后来，在日本的形势已经恶化到绝望的境地时，东条英机又肩负起了日本陆军参谋总长的职位，以增加工作的有效性和权威性。他还数次担任外相，把日本的职业外交官赶到了一边，还担任过内务大臣，在这一职位上，他掌握着普通警察；在一个由数以万计的社区组成的权力金字塔中，他处于最顶端；他还担任过教育大臣，而在这个国家里，受到严格控制的学校实际上就是政治灌输和军事训练的工具。此外，他还担任过军需大臣，这一职位是为了结束日本陆军和海军之间的斗争而专门设立的。这场斗争的目的是一较高下，但只是增加了内耗。
总而言之，为了赢得战争，东条英机使出了自己的每一分力量。他办公室中的灯光，会从夜晚一直亮到黎明。就是在这间狭小的办公室里，东条英机以严格的自律精神指挥着战时的日本政府。这个政府是控制日本人生活的工具，它无孔不入，富于压制性，而它的结构更令人窒息。
作为首相，理论上东条英机有责任要主持召开内阁会议，然后把他们的提议上报天皇，请他诏准或者驳回，但实际上，内阁几乎只是一个形式上的幌子，而天皇也没有决定权。
真正的决策权掌握在一个私下勾结的小集团手中，尽管它可能邀请别的人来参加会议，但通常的成员只有以下这些人：首相、陆军和海军大臣(两个人都必须是现役的高级军官)，以及外相。他们所做出的大部分决定的依据都来自"集权将校"提供的情报，集权将校指那些少佐和中佐之类的中级军官，出于角色原因，他们开始具有巨大的影响力，而这一事实，使这个小集团的军事色彩变得更加浓厚。
每次这个小集团达成集体意见之后，它还要仪式性地向天皇申请举行一次帝国会议，这一申请照例肯定会得到批准。在举行会议之前，天皇都要由掌玺大臣简要地提示议事日程。如果裕仁天皇对其中的某项事务表示关注，掌玺大臣就会准备一个问题清单，这个清单会事先交到预定出席的官员手中，以便他们准备自己的回答。
天皇由他的侍卫官送来参加会议(侍卫官几乎都是由一位陆军将军担任)，到达之后，就坐在高台上。在台子的右侧摆着两张织锦覆盖的桌子，天皇的高级顾问们就坐在这里，他们中的大多数都佩戴着绶带和勋章，这些都是他们赫赫军功的象征。东条英机首相简要地陈述一下小集团已经做出的决定，接着宣读天皇先前的问题，接着就是对答案进行认真的、详细的描述。在整个会议过程中，日本天皇几乎永远都是静静地坐着，一言不发。
作为一种实际的决策形成手段，这一过程当然是毫无效用的。在整个战争期间，在帝国会议上，小集团的提议没有一次被推翻过，甚至连修正也没有。然而这个制度的确还是有某种用途的，它给掌权的军国主义者们的命令披上了神圣的外衣。这些人将日本在前一个世纪成功制定的民主制度完全抛在一边，一心一意地要将这个国家推向全面的战争。
日本陆军的高级指挥官们轮流劝说天皇要超然于日益严重的混乱局势之上，保持传统的角色地位：高高在上，不可侵犯，令人敬畏。这样的角色正是陆军的高级军官们想要的：天皇的脚步只限于宫墙之内，不会对他们的政府计划进行任何干涉，但又拥有神一样的地位，在战争来临的时候能够将国家团结和激发起来。
军队接着又发动起一场宣传运动，使裕仁和人民更加疏远。过去普通的人们还被允许瞻仰天皇，但现在只要有天皇在场，他们必须深深鞠躬，绝不能抬头观看，以表示对天皇的崇敬。特定的高级官员获准向天皇注目示敬，但有些人却因为所谓的没有对天皇表现出足够的尊敬而丢掉了官职。裕仁本人也看透了这种将他完全架空的所谓尊敬，他带着平静的失望说陆军是"在用绣着花的绸缎将我慢慢闷死"。
