当德国军队横扫波兰时，党卫队紧随在后，在摧毁这个国家的过程中积极扮演它的下一个角色：清除政治和文化的精英。希特勒知道这个任务不能交给普通的士兵。在离入侵不到两星期的一次武装部队指挥官会议上，他就警告"要做一些德国将军不会批准的事情"，如费多尔•冯•包克陆军元帅所回忆："因此他不希望把这个必要的清洗任务交给军队，而是愿意交给党卫队去执行。"
希姆莱把这个大屠杀的任务交给机动保安处和安全警察分遣队，它们有个不起眼的名称"特别行动队"。他们在吞并奥地利和肢解捷克斯洛伐克期间似乎显得力量有限，没有采取多少凶残的行动。在这次波兰行动中，五个入侵军每个都配备了一支400人到600人的特别行动队；第六支被部署在边境省波兹南，原来是普鲁士领土，希特勒想把它重新纳入第三帝国。
为了监视波兰的特别行动队，另一个政府机构，德国中央保安局，或RSHA，成立并置于海德里希的控制之下。德国中央保安局将盖世太保、刑事警察和保安处组成一个整体；这些都集中一个局里，第三帝国的一位观察家这样描述："独裁所依靠的所有主要权力，间谍和情报、审问和拘捕、拷打和处决。"
特别行动队有条不紊地从以前准备好的名单开始做起。贵族、牧师、政府官员、商人、教师和医生--所有这些人都在武装部队进军过后被抓起来并被成群地驱赶进临时草率建起的收容营里。不久以后很多人被枪杀。在一个罗马天主教主教辖区里，690个牧师的三分之二被逮捕，214个被枪决。在逮捕的人当中有很多犹太人，他们同样也成为牺牲品。尽管挑出犹太人杀掉的指示还没有下达，但至少一个特别行动队的领导，党卫队将军乌多•冯•沃伊尔施，他自作主张集中力量大肆屠杀犹太人。
当地政治领袖也是杀害的首要目标。贾库布•克鲁基斯基，波兹南市市长，同他的夫人玛格黛丽娜在城外的一处地产里生活，德国人抓到这个市长后，他的家人仍然在郊外的家中。有一段时间似乎他们将会幸免于难。尽管他们每天都听到远处的枪声，但他们的隐居生活没有受到破坏。接着有一天，党卫队来了。市长18岁的女儿露丝永远不会忘记发生的事情。她出去喂一匹两岁的阿拉伯马，这是她父亲送给她的。"当我从马厩回来时，我看到后花园大约有40个穿制服的人，一些人戴着钢盔，其余人戴着软帽，许多人拿着机枪。他们背对着我。"面对着这些人，靠着他们房子的墙站着她的父母。露丝的父亲看见了她，喊道，"快跑！"就在这时他们开枪了，她看见她父母倒下了。
露丝穿过树林逃走了，在一块土豆田里躲了三天，然后被这块地的雇工收留了。最后，她冒险进入城里，被逮捕并被装在一辆运输家畜的车里押送到汉堡，在那里她被强迫做一个女仆。她父母同其他受害者被埋葬在波兹南附近的一个大坟坑里。
"党卫队在波兰的恐怖统治"，一位德国外交人员在他的日记里是这样描绘的，得到有效的推行。到9月8日，侵略后的一个星期，党卫队指挥官们夸耀每天为200个波兰人敲响丧钟。9月27日海德里希宣布，"在被占领土上波兰的上层阶级最多只有百分之三的人还活着"。
特别行动队的成员很快开始同另一类死亡队伍，就是所谓的自卫团体，共同行动。他们是由德意志族人组成的，这些人是在入侵后几天中掀起的一个短暂的波兰人仇恨运动的对象。暴徒们抢劫德意志族人的房屋和农场，大概有5000名德国人被杀害；波兰东部大约50000名德意志族人被赶出家园。同神志清醒、采取冷血手段的帝国特别行动队不同，这些自卫团体是受强烈复仇的欲望所驱使。德国武装部队一开进过去，德意志少数民族就联合起来组成志愿民兵，他们迅速堕落成掠夺的暴徒，疯狂杀害波兰人。在西普鲁士，仇恨波兰人的情绪非常强烈，但泽地区长官艾伯特•福斯特开进那里四处煽动仇恨的火焰。
希姆莱对事态这样的转变很不高兴。当他看到他的老对手福斯特影响越来越大时，希姆莱采取行动保卫他所认为的领地。他派出他的补充处处长戈特洛勃•伯格尔去接管自卫团体并把他们纳入党卫队的控制之下。伯格尔将民兵组织划分为四个自卫区，每个区安排一个德国党卫队指挥官。尽管自卫团体准备作为辅助警察武装，但是一些人继续令人发指的暴行，甚至于海德里希都表示关注。显然关心这些刚加入党卫队的队员缺乏纪律胜过关心他们缺乏人道，海德里希也埋怨"部分难以想象和过火的复仇行动"。
甚至在自卫团体参加屠杀前，许多德国士兵就开始对特别行动队的行为产生怀疑。虽然在战区作战中，特别行动队在技术上归军队指挥，但是希特勒命令他们的罪恶的任务不能让常规部队知道并且用"反间谍任务"这样委婉的说法加以掩饰。但是士兵们发现了真相，而且许多人感到震惊；海德里希这样冷淡地解释："对于那些对此一无所知的人来说，警察和党卫队的行动似乎是专断、残忍和未经授权的。"9月20日，第14军作战处报告："部队特别感到气愤的是，年轻人不上前线去作战，而是拿手无寸铁的人来证明他们的勇敢。"
武装部队不止一位高级军官同样感到担忧。军事谍报局局长威廉•卡纳里斯海军上将告诉最高统帅部"世界总有一天要让德国武装部队为这些做法负责，因为这些事都发生在它的鼻子底下"。来自陆军的压力迫使党卫队不得不暂停最邪恶的特别行动，波兰南部乌多•冯•沃伊尔施指挥的特别行动队的行动。但是大多数将军愿意从另一个角度看待这个问题，这种肮脏的工作留给党卫队来干他们感到很满意。
10月中旬，波兰战争结束了近三个星期，希特勒解除军队负责占领的首要任务。他建立了一个杂乱无章的统治体系，将一些区域并到第三帝国现有的政区里，再建立其他的区作为德国的新组成部分。他将波兰的剩余部分--除了苏联占领的东部--混在一起合并成一个殖民地，称为波兰总督辖区。希特勒的将军们对突然冒出的官僚噩梦感到惊骇。他们急于结束占领任务并远离这个争权夺利的迷宫，乃至于新的国家行政机构没有巩固前他们就撤走了。
希姆莱乘虚而入，以便控制全部警察事务和在幕后统治这个总督辖区。特别行动队进驻占领区的警察局。与此同时，镇压波兰精英的行动继续加快进行--现在没有来自将军们的抱怨。1940年春，屠杀开始后的六个多月，特别行动队又处决了3500名波兰人。
与此同时，希姆莱着手另一个进一步实现他建立一个纯种大德国的梦想的冒险。1939年10月1日，他成为一项残忍的野心勃勃的波兰重新安置的方案的沙皇，该方案将对100多万东欧人的生命产生影响而且使一名党卫队高级种族专家欢欣鼓舞，"东方属于党卫队"。
同希姆莱的许多计划一样，重新安置开始没有什么夸大成分。在9月期间，苏联红军进入波兰东部，令大约136000名德意志族人处于苏联占领之下。经过同柏林的讨论，苏联人同意让这些人离开。另外，第三帝国为了另外120000名居住在波罗的海沿岸各国的德意志族人的迁移也进行了谈判。希特勒要求德意志族人联络处制订出一个安置这些人的计划。
希姆莱听说这个事情后，立刻觉察到是一个有利的机会。刚占领的波兰将是安置这些德意志族人的理想地方--也许甚至同样是他和瓦尔特•达里梦寐以求的封建农民贵族统治的理想地方。为了给他们找到生存空间，土生土长的斯拉夫人和犹太人应当被赶走或贬为奴隶。希姆莱找到希特勒，劝说元首让他负责全盘计划。他安排让希特勒于1939年10月7日--希姆莱39岁的生日这天发布一个批准这个方案的命令。
