航母潜艇项目受到日军高度重视。1942年1月13日，山本决定上这个怪物项目。同年4月18日，它已经成为日本海军的优先项目，也是在这一天，美国空军越过浩瀚的太平洋直接轰炸了东京。次年1月，日军正式开工建造航母潜艇。日本制订的第一个作战计划是，利用航母潜艇和轰炸对美国西海岸城市进行生化攻击。考虑到使用生化武器的恶劣影响，日本后来将计划改为轰炸旧金山、华盛顿或纽约等城市。
随着美国的优势越来越明显，日本又改变计划，把目标指向巴拿马运河，以便让美国海军数月内无法通过该运河输送兵力。日军还向当年参与设计巴拿马运河的一位日本工程师"取经"，并在吴港专门制成加通水闸的模型，用以演练攻击套路。
