在建造"伊-400级"航母潜艇时，日本海军遇到诸多问题。首先是如何将俯冲轰炸机型"晴岚"发射出去。"晴岚"是日军专门开发的搭载于潜艇上的机种，可携带800公斤炸弹或17.71英寸直径的空投鱼雷。为此，日军在主甲板上修建了一座机库，可容纳三架"晴岚"。机库口还延伸出一条弹射滑索，作战时飞机依次拖到弹射器上展开机翼，加油装弹并弹射起飞。完成任务后降落在母舰附近的水面，由起重机吊回。日本的弹射技术得到了德国帮助，潜艇上的潜望镜、特殊塑料涂层、声呐等技术也来自德国。
这种潜艇的缺陷是：机库如此沉重，使得潜艇有翻船的危险。因此，设计师采用横向双筒结构。艇尾的乘员舱室恢复为单筒，艇首还有两个鱼雷舱，潜艇上可以容纳140名船员和飞行员。这种航母潜艇长293英尺，水上排水量3500吨，水下6500吨，是二战期间最大的潜艇，只有1959年的本杰明·富兰克林级核潜艇再次达到类似规模。
