赫赫的战功让邓尼茨官运亨通，1943年1月，邓尼茨接替埃里希•雷德尔担任海军总司令，同年被授予海军元帅军衔。
而就在他接任德国海军总司令几个月后，大西洋之战就不得不收场了。他的潜艇再也不能以较小的代价换取较大的战果了。到这时，邓尼茨的潜艇每一次出击都要付出很大的代价。例如，在1943年9月和10月，邓尼茨仅仅击沉了盟军在大西洋上航行的2400多艘商船中的9艘，而自己的潜艇却被盟国护航舰队击沉325艘。
