埋在YS-11项目内部的更大危机是团队矛盾和成本控制失灵。由于三菱重工"舍我其谁"的霸道作风，导致它与其他成员之间矛盾重重，据日本《AirWorld》杂志早年披露，有一段时间，富士、川崎与新明和的成员曾缔结"同盟"，一致向三菱团队发难，双方闹得不可开交。更糟糕的是，正因为"官督民办"性质，YS-11项目高层是政府官员和几家民营公司业者的大杂烩，政府官员缺乏成本意识，仅制定一个笼统的远期投资和运营计划，而公司方面认为无论飞机多贵政府都要买单，自然无心降低成本，结果导致飞机开发费用一路狂飙，等到原型机在1962年8月30日首飞时，整个项目超支达到140%。
尽管YS-11在1965年9月取得美国联邦航空管理局的试飞证明，具备外销条件，但它的产销却十分惨淡，总共182架飞机中，除头两架原型机外，日本国内民航公司购买75架，政府购买34架、外销76架，业绩远不如日本政府的预期。为推销这种日本航空工业的希望之星，当时无论日本官员，还是企业老板，每逢参加国际会议或展销时都大力推荐YS-11，甚至不惜遭受巴黎统筹委员会的威胁，积极向社会主义国家推销。但因为担心在后勤维修和零件供应方面存在风险，所以很少有国家乐意"接招"。对YS-11更致命的是，1967年中东战争后，阿拉伯国家集体对西方进行石油禁运制裁，这一运动在1973年"赎罪日战争"前后达到高峰，世界经济陷入萧条，民用飞机市场更是哀鸿遍野，性能落伍且缺乏亮点的YS-11成为不可避免的"出局者"。
