军事作战组和行动组：指挥军统所领导的大大小小约八十个行动队和各种名称的破坏队、组等单位进行敌后抗战。
情报组：这个组是中美所的重点工作组，主要是侦测收集编译各方情报。据原中美所分析研究组三级译员曾圣杰回忆他们的具体工作是："我在情报组所译的情报，国内外的都有，最多的是江南方面，如日本军队的调动、伪军调动，某仓库所储军火，日军某些番号在何地出现。我新四军的有一少部分，占的比例不大。如某地发现新四军多少人等。"
心理作战组：据原中美合作所心理作战组英文翻译李斯康所述，"心理战争组主要系编写各种宣传品，用秘密方式或飞机散发至沦陷区或日本本土及各战场上。收听日本或汉奸电台广播并用秘密广播进行干扰或反宣传，内容不外是美蒋伪装抗战的宣传物，以麻痹沦陷区人民。"
