"廿七、本协定……有效期间自协定签订之日起至同盟国对日战争结束时停止。"(孙丹年《中美合作所与太平洋战争》陕西人民出版社2012年5月版)
很明显，按照上述协议设立的"中美特种技术合作所"只是一个以打击日本为目的，组织上以中方为主、以美方援助形式构建的跨国军事合作机构，在协定字面上并没有看到任何反共字样。
中美合作所成立之后，蒋介石很快批准实施了《中美特种技术合作所工作计划纲要》，纲要中规定中国方面参加合作的力量主要是戴笠的军统机构及其下属部队--"现有沿海之情报布置与各铁路破坏队、军委会别动军与忠义救国军及泰国挺进军"。他们由中美所训练和装备并接受中美联合指挥，称作"特种作战部队"。这些部队的具体任务是："在敌人占领地区，布置情报工作，搜集敌军事、政治、经济、外交各种情报";"在敌占领区内重要城市、铁路、公路、河流、矿产，及中国与安南、泰国沿海各军商港湾、岛屿，利用各种力量与方法，对敌予以不断之打击"。
"按目前军事上之需要，侧重平汉、津浦与京沪杭铁路沿线，及武汉与中南半岛，以及中国南海各地工作之策进，将来并随战况之推移，将工作重心，渐次向北推进。""加强别动军及忠义救国军与泰国挺进队及军统局各铁道破坏队，从事敌后之扰乱、突击，及破坏敌军机场、交通、资源、矿产、工厂、仓库，并策动工人罢工，以减少其生产"。
