气象组：这个组主要任务是为美国海空军活动搜集中国大陆和西太平洋的气象情况，据原中美所气象总站通讯电台上校台长徐止善回忆："气象组的工作，其主要任务为汇集各地气象报告，绘制天气图，预告天气，并将天气预告供应当时所谓的'盟军'即美帝的海空军，作为作战参考之用。"为此，"中美合作所"先后在全国设立了165个气象站和通讯电台。
此外还有交通运输组、工程处、医务组、总务组等后勤和服务机构。
无论从设立目的还是从设立的机构上看，中美合作所完完全全是为抗战服务的情报和训练机构，没有任何反共的意图存在。
