由于反潜技术的落后，日军完全无法阻止美国潜艇在东南亚水域的活动。日本海军由于其参谋部门的官僚主义作风，迟迟没有建立类似英国的护航体制。因此，大量的商船被美军潜艇击沉。如果不是当时美军鱼雷性能坑爹，让大量日本商船插满了未爆鱼雷返航，日军的损失可能要比历史数字高得多。
大量商船缺乏保护使得交通线无法建立，这导致了几个后果：首先，新占土地无法获得足够的技术和资本完成重建，进展缓慢；其次，日本本土工业无法有效获得这些资源，以至于在1943年日本就开始陷入物资匮乏的境况；再次，为维护海上交通线，日本不得不分散有限的造船能力用于建造商船，结果影响了主力舰队的恢复，而商船建造依然比不过损失，形成了舰队和商船队规模同时减少的局面。
东南亚据此成为了吞噬日本战争资源的无底洞。大量资源被消耗在此，而产出却日渐减少。日本进行战争越打越瘦，最后就只有被史无前例动员起来的美国按住痛打的命了。
