1946年4月，靖国神社接到盟总的新通告，禁止天皇参拜靖国神社。接着，在中国、苏联等国的强烈要求下，美军用水泥将靖国神社内纪念日军侵略战争的13米高的大石灯笼抹平。11月，盟总又发布了关于靖国神社的新指令，指出靖国神社是军国主义神社，不承认将国有土地转让给神社，靖国神社存在的合法性再次遭到了质疑。1951年9月，盟总批准了土地转让事宜，靖国神社最终得以苟延残喘。此时的靖国神社虽已降为一般性的宗教团体，但神社中供奉的战争亡灵的灵位并没有撤除。
随着1952年美军占领时代的结束，各种祭拜靖国神社的活动又陆续出现。靖国神社摇身一变成为少数右翼势力为军国主义招魂、为侵略战争翻案的政治平台。关于当年美国军队为何没有烧掉靖国神社，据说是麦克阿瑟征询了罗马天主教教廷驻日代表比特神父的意见后，停止了烧毁靖国神社的计划。仅靠比特神父一人之力就能留住靖国神社么？真正的答案肯定不是这样。
