但是，促使麦克阿瑟改变主意的根本原因，是美国担忧烧毁靖国神社将遭到日方激烈抵抗。在当年题为"关于靖国神社将来的见解"的机密文件中，有这么一句话："应该保留靖国神社，废止恐怕反而会增加事端。"最终，盟军总司令部于1945年12月15日颁布了以切断国家对神道的保护等为内容的《神道指令》。
1959年10月，日本厚生省向靖国神社提供了一份"祭神名单"，要求供奉乙级和丙级战犯并获批准。1966年2月8日，厚生省再向靖国神社提供"祭神名单"，要求供奉14名甲级战犯，并在1971年获靖国神社崇敬者总代会通过。1978年秋季大祭前一天，14名甲级战犯被正式供奉于靖国神社。昭和天皇战后曾8次参拜靖国神社，自此没有再参拜靖国神社。
1985年8月15日，日本首相中曾根康弘首次以内阁总理大臣的名义正式参拜靖国神社，引起国内外强烈反响。小泉纯一郎执政后，6次以公职身份参拜靖国神社，更使参拜靖国神社成为影响日本和中韩两国关系的严重问题。
