第一和第二类：甲、乙、丙级战犯第一类和第二类军人，坦率地说，真正受到追究的只是一部分，还有很多没有受到追究。有两个原因：其一，在远东军事法庭起主导地位的美国，对日本文化、日本军制缺乏了解。应该说，美军从战争开始以后就对于结束战争后的战犯处理做了大量工作，从收集情报到审讯战俘，列出了一个庞大的清单。但是美国人没有(起码当时没有)理解日军参谋的这种特殊作用，和日本军队(特别是陆军)的"下克上"现象，而受其"政府管理军队，军队是职业军人的集团"这种西方固定观念的影响，在决定甲级战犯时是以政府关系为主。因此与陆军省有关的高级军官(课长以上)几乎全部是甲级战犯嫌疑人。而参谋本部的有关人员却几乎没有受到追究。比如田中新一、服部卓四郎等人根本没有受到追究，服部卓四郎还几乎被授命组建现在自卫队的前身警察队。
第二个原因是不少证据被彻底销毁，证人被封口。1945年8月14日御前会议决定了接受波茨坦公告以后，陆军军部就命令下属各部队、教育机关、附属机关销毁一切机密文件，各部队机关浓烟滚滚达数日之久。因此第一手证据极为缺乏，现在能看到的有关参谋本部的第一手资料，几乎都是几位反对扩大战争的参谋们偷偷留下来的。
