盟军总部的四次逮捕令
盟军总部对于第一批战犯的逮捕手续是相当混乱的，关于自动报到投案的办法也没有明确规定。从第二次逮捕令发布时起，这些事情开始明晰，一般自动投案的期限规定是10天，如果在发布逮捕令后十天内不前往巢鸭监狱自动报到，则盟军总部的宪兵队在第11天的清晨将强制执行。
这个办法也在战后的日本行之有效，没有出过任何意外，在许多外国人看来似乎不可思议。但在当时的日本这个办法确是实际可行，梅汝在他的书中分析："因为日本是一个岛国，战败后的日本完全孤立起来了，四面都被盟军的海军所包围，对外的出路完全断绝了，任何战犯想要逃到国外去绝对不可能。其次，日本一向是一个著名的'警察国家'，国家警察对于各地的户口迁移和国民行动调查得非常周密，侦查得非常认真，登记得非常严格，因此任何战犯想要在国内躲藏起来也是极端困难的。"
第二次战犯逮捕令于1945年11月19日发布，距离第一次约二月有余，这次命令中指名逮捕的都是比较重要的日本战犯，共11人，他们的地位之高和罪责之大说来都够得上称为"甲级战犯"和"主要战犯"。11人中，除了本庄繁已经自杀和松冈洋右正染重病之外，都是在逮捕令发布10天之内自动报到投案并携带行李入狱的。
本庄繁的自杀值得一提。他是在听到总部逮捕令发出的消息之后，立即自裁身亡的。那时他正在青山旧陆军大学辅导本部理事长办公室，时间是11月20日上午10时半。本庄繁的自杀在日本人眼光中被认为是一件很壮烈的举动，他死后留有早已准备好的遗书两件，并提有"诚以贯"三个字。后来的分析者认为，不排除两件事情对于本庄繁的深刻刺激，其一是陆军元帅杉山夫妇在未被列名战犯之前便双双自杀，其二是东条自杀未遂遭受严厉抨击。至于松冈，虽然患病严重，但盟军总部还是把他按期逮捕入狱，在狱中进行治疗，次年5月远东国际法庭正式开庭审讯的时候，他被列名为受审的28名首要日本战犯之一，但是受审不到4个月，松冈便病死狱中。
第三次战犯逮捕令在1945年12月2日发布，指名逮捕的有59名，其中绝大多数都是"知名之士"，同时他们的战争罪嫌也都严重得使他们足够被划入"甲级战犯"之列。不但有军人、政客、外交家，而且有企业家、财阀、出版家、言论家，还有一般人认为不可侵犯的皇亲贵族。自从这个名单公布之后，日本的上层社会头面人物一度陷入恐慌，岌岌自危。这一批人中绝大多数都是在逮捕令发表后10天内自动前往巢鸭监狱去报到投案的，在投案前后，还有人对外国新闻记者发表谈话，申诉自己的感想或想洗刷自己的罪责，例如《读卖新闻》社社长正力松太郎说，"本人被列名战犯逮捕，或系出于某种误会"。
仅仅4天之后，12月6日，第四次甲级战犯逮捕令发布。这也是对日本主要战犯的最后一次逮捕，指名逮捕的只有9个人，其中最引起震动的是近卫和木户。12月6日傍晚，正当近卫在别墅中与访客围炉而坐的时候，无线电收音机送来了逮捕令的消息，这对还怀揣着修订日本宪法野心的近卫是一次致命的打击。在别墅闭门谢客5天，12月11日，近卫从乡间别墅回到东京的官邸，召集夫人子女和部分亲戚闲话家常，表面佯做镇静，这样又拖了5天。直到限期将满的12月15日晚间，他依旧同亲人闲话家常，直到深夜1点，仍未露出自杀之意。众人散去后，又召唤他的儿子通隆单独进行了长时间谈话，通隆离去后，近卫独自在室内更换白色服装，服毒自杀。次日拂晓妻子发觉时，他已经尸体僵硬，面色惨白，而市内电灯尚明，火盆内的褐色药瓶中尚有一两滴毒汁残存。除近卫服毒外，其余8人都是在限期内自动前往巢鸭监狱投案。
自从第四次逮捕令发布之后，盟军总部没有对日本主要战犯再发布过任何逮捕令，与日本人的预料相反，战犯逮捕之风不是扩大，而是完全停止了。继之而来的是一股相反的风，庇护战犯，释放战犯。总计盟军总部四次逮捕令中指名逮捕的人数共为118名，但是到1946年年初实际在监狱里羁押的不过100名左右。除了非日本籍战犯被遣送回国，有的被引渡去国外受审，还有个别战犯由于特殊原因，在被捕后不久便被盟军总部以罪嫌不足为借口而擅自释放了，例如梨本宫亲王、乡古洁、上田良武。上田良武是第一批被捕的战犯之一，也是从巢鸭监狱被释放出来的第一人。三菱财阀巨头乡古洁1946年4月13日被释放出狱，他的获释预示着盟军总部对于日本垄断资本家的罪责将不予追究。果然，不久之后，那些大财阀、大军火商和大企业家都被陆续释放，国际检查处处长季楠还发表过讲话，说日本资本家之所以参加侵略战争，完全是受了军人枪杆子的逼迫，并非出于自愿。
汉奸的命运：从被利用到拘捕
1945年日本宣布无条件投降后，国民党政府在抗战胜利后的一段时间里，首先考虑的不是惩治汉奸，而是如何利用汉奸为其看守住东南这块地盘。1945年8月14日，国民党政府军事委员会任命任援道为南京先遣军司令，丁默村为浙江省军事专员；原伪军司令门致中、孙良诚、张岚峰、孙殿英、吴文化分别任第一、二、三、四、五路军总司令，伪第五方面军司令庞炳勋为晋冀鲁豫剿共总司令。一大批汉奸伪职还未解除，又摇身一变成为抗战的"有功之臣"。
随着国民党势力逐步进入华中、华北地区，汉奸的利用价值也很快消失。1945年9月下旬，国民党政府下令，在全国各地对汉奸进行大逮捕。逮捕汉奸的工作主要是由军统特务机构执行的。因为军统在沦陷区有地下组织，该组织在日本投降时顺势进入东南各大城市，加上汉奸周佛海等人又早已投靠了军统，军统能掌握和利用这些人"以奸除奸"。逮捕汉奸基本都是采取诱捕的方法。
在上海，1945年9月20日的中秋之夜，军统局局长戴笠向周佛海、缪斌和汪伪特工总部主任丁默村等数百名汪伪高级官员和将领发出请柬，邀请他们出席中秋赏月晚宴。戴笠甚至放出既往不咎的风声，后来的事情证明，这次晚宴不过是大逮捕前的稳兵之计。9月23日，戴笠手下的100多个行动小组，把印制精美的请柬送到汉奸们的家中。这些汉奸们毫无戒备地来到军统局愚园路公馆，当夜预捕的100多名汉奸无一漏网。第二天晚上，又捕捉到100多人，连同第一批捕捉到的汉奸，全部关进原汪伪76号特工总部的监狱里，后来因人越来越多，只好在南市又建了一个新看守所，把一部分汉奸分流到那里。
在南京，1945年9月26日晨，军统局南京区以宪兵南京司令部与警察厅名义逮捕了伪实业部长梅思平、伪教育部长李圣五、伪南京市长周学昌、伪经理总监部长岑德广、伪海军部长凌霄、伪社会福利部长彭年、伪宣传部次长郭秀峰等23名大汉奸，另以空军第一路司令部名义逮捕了汉奸陈昌祖、葛世平等24人。
在北平，12月5日，同样是"鸿门宴"。借李宗仁北平行营指挥所的名义，在北平东城北兵马司一号举行盛大宴会，向北平50多名大汉奸发出"敬备菲酌，恭请光临"的请柬。受邀约按时赴宴的有：先后任伪华北政务委员会第一任及第四任委员长的王克敏，第五任委员长王荫泰，伪华北政委会常委、华北治安总署督办、华北绥靖总司令齐燮元，绥靖总署督办杜锡钧，教育总署督办周作人、王谟，农务总署督办陈曾拭，工务总署督办唐仰杜，伪华北政委会委员、北平市长刘玉书以及北平宪兵司令黄南鹏等。伪华北政委会第二任委员长王揖唐在戴宴客之前托病住进中央医院，同样被军统从中央医院拘押到看守所。
从1945年9月至12月，军统在南北各地的肃奸工作告一段落。共捕获有汉奸嫌疑者4291人，移送军法机关审判者334人，移送航空委员会讯问查办者24人，在押病死者43人。1946年春，国民党军统局将押在北京炮局的伪华北绥靖军总司令齐燮元、伪常务委员兼建设总署督办王荫泰等特级汉奸以及周作人、王谟等人，用飞机解押南京。1945年8月25日乘日本飞机秘密逃往日本九州的伪国民政府代理主席陈公博、伪宣传部长林柏生等6人，也于10月3日被引渡回国。军统还以伪造蒋介石手令"请陈璧君、褚民谊赴重庆会商善后事宜"的方式诱捕了陈、褚二人。山东省长马良、杨毓殉，伪山西省长苏体仁、冯司直、王琅，大间谍川岛芳子等也分别被捕。
关于陈公博的抓捕尤其曲折，在汉奸抓捕刚开始时，重庆的《新民报》转发了日本《朝日新闻》的一则消息："前南京国民政府主席陈公博于26日自杀，伤势严重，于29日不治而死。"但戴笠很快就得知陈公博逃往日本的实情，当即与日本方面交涉。9月9日，何应钦向冈村宁次正式提交了《备忘录》，戳穿陈公博假自杀的烟幕，要求日本政府速将陈公博等逮捕归案。20日，何应钦再次提出引渡陈公博的《备忘录》。重压之下，日本被迫交出陈公博等。
1948年1月5日，国民政府司法行政部长谢冠生宣布：据各省市已报汉奸案件经检查办结案内，起诉的为30828人，免予起诉的为20718人，其他的为13323人。审判办结的25155案内，科刑的为14932人，其中死刑369人，无期徒刑979人，有期徒刑13570人，罚金14人。陈公博、褚民谊、王揖唐、齐燮元、殷汝耕、梅思平、林柏生、梁鸿志、丁默村和川岛芳子等50余人被判死刑；陈璧君、罗君强等近百人被判无期徒刑。周佛海先被判处死刑后被蒋介石赦免，改判无期徒刑，1948年2月，心脏病复发，死于老虎桥监狱的囚室之中。此外王克敏被押不久便病死狱中，汪伪内政部长陈群、逃跑通缉的汪伪江苏省长高冠吾等自杀。
