1945年9月9日，冈村宁次代表中国派遣军在南京原军官学校礼堂向中国陆军总司令何应钦签订投降书。当时在场负责保卫工作的国民党军官王楚英回忆说："冈村宁次进来，我已经在大门口迎接他，他们一共7人。"中国军训部次长王俊将他们带领到投降席，冈村站在投降席的中央，到齐后，向何应钦鞠躬，何手一指，他们就坐下。
王楚英记得，当时冈村把章盖歪了，好像很抱歉地冲何点了点头。当时中央军校礼堂门口的大道上，每隔一段距离就有三色旗杆，上悬联合国旗，下面站有手持冲锋枪的武装士兵。投降后，冈村当晚发出了交出武器装备的最后一道训示，结语是："处于异乡瘴疠之区，望全军将兵诸子，多自保重，忍吞血泪。"
日本投降后，其陆军大臣决定，从8月25日开始，军旗一律奉烧，所以，中国战场上缴获的军旗不多。再就是日本皇室的徽号"菊纹章"，在军人的武器上都有这种章，也同样命令他们销毁，于是日军武器上都有锉痕。
隐居的战争理论贩卖者
1945年9月9日刚举行投降仪式后，10日，中国陆军总司令何应钦率高级将领和冈村见面。何的第一句话是，"日本现在已无武装，我想今后将能实现真正的中日和平互助，愿我等共同为之努力"。冈村在自己的回忆录里称当时"感受颇深"。他还记得美国方面仅马库奇中将一人参与，"会谈始终在和缓的气氛中进行"。
何后面的口气可以用"亲切"来形容。"日军并非战败，中国军亦非胜利。尽管如此，我等应停止一切争议，让既往之事付诸东流，而致力于中日之合作。"而此时的合作，就是冈村宁次一直在宣扬的如何合作对付"延安政府"，最要紧的是进一步争夺"受降权"。
中秋节，何应钦派人送上两卡车月饼和水果，还派上校王武单独给冈村宁次送了香烟和一箱茅台酒。10月21日，冈村宁次再次和何应钦等人会谈，按照他的记录，在座诸位都会日语，"谈完公事后，拿出甜酒，大家闲聊天了两个多小时，席上，何应钦极力高唱中日合作"。他说的一段话给冈村留下了深刻印象，"由于贵官认真负责的态度及贵司令部职员热诚勤勉，使接收工作顺利进行。应趁此机会培育中日合作的趋势，使子子孙孙继续合作下去"。何的话的重点还是在于让他们认定的"军事天才"冈村宁次帮助制止"共产党势力的扩大"。
1945年12月23日，秘密前往南京的蒋介石召见了冈村宁次，一见面，蒋就对他在接收过程中的合作表示感谢，并躬身问安："贵官健康如何？生活上有何不便？请不要客气向我和何司令提出。日本侨民有何困难，也请提出。我们会尽量给予便利。"蒋和何这一系列被称为"以德报怨"的行为被冈村宁次深深记在心上，他在回忆录中写道："蒋和蔼之情溢于言表。以好言相慰，深感钦佩。"
1946年6月，国民党军队进攻中共中原根据地，国共战争爆发，冈村宁次也终于有了新职位，他被秘密聘为国防部高级军事顾问，专门用他的"军事天才"来对付共产党的军队，他在担任华北方面军司令官时编的《剿共指南》被翻译后大量印发给国民党各级军官。
1946年底，冈村宁次被安排隐居到鼓楼以西的金银街4号。这是幢独门独户的三层楼别墅，抗战期间，主人到美国去了，长期无人居住，院子里满是杂草。按照冈村宁次的记忆，金银街以北是坟场，白天行人稀少，晚上更无人迹，据说是何应钦亲自为他选中此地。当时远东国际军事法庭已于1946年8月、10月两次发出传票，要求中国政府将冈村宁次送往东京审判，国内许多报纸也强烈要求公开审判冈村宁次。《解放日报》早就把他列为第一号战犯，一些民间武术团体也开始派遣杀手追捕他，强烈的声讨之势使冈村宁次简直无地容身。何应钦为保护这位接收"有功人员"和"军事天才"，几次安排他迁居，直到最后选中了隐蔽的这幢别墅。
到1946年12月，日本军队和日侨已基本上遣送完毕，各联络组织也都回到国内，冈村宁次按道理也应该接受审判了。但是此时正是他忙碌的时刻，据他自己说紧张程度甚至超过了当年任总司令官时期，每隔几天，就有国民党军政大员来讨教、询问作战问题。冈村宁次不仅现场教授，还写了《毛泽东的兵法及对付办法》、《从敌对立场看中国军队》、《以集中兵力对集中兵力歼灭共军》，据他自己回忆，这些著作也算呕心沥血。其中，《从敌对立场看中国军队》一文，"几易其稿，历时颇长"。"自少佐时代来中国，相当通晓中国内情，又屡与中国军队交战，对其缺点也充分了解，既受嘱托，有愿为改善中国军队略陈己见，故直言不讳。"这些文件用机密来称并不为过，很多只有三份，两份交出、一份留底，后来留底的那份也被烧毁，两份文件只给蒋、何审阅。
就在他在小楼里加紧他的战争理论著作时，外界对其去向也一直紧盯不放，起初，国民党政府一直以"目前在华仍然有部分日本军民和征用的技术人员尚未遣返完毕，冈村现仍以联络员身份协助处理未了事宜"等语予以搪塞。但1948年3月，远东国际军事法庭派人来到了南京政府国防部，声称一定要将其带走，当时整个战犯的审理工作将要结束，4月解散法庭前一定要将其带回受审。
此时的冈村宁次正患肺病，国民党政府以其患病为理由，说他正被监视居住，病好后送回日本审理。到了6月，远东军事法庭并没有解散，国民党政府仍拒绝送交冈村，新理由是"冈村宁次并未参加日本侵华的中央系统组织，其行为仅与在中国战场上发生的事实有关，因此不须送往东京审理"。
1948年7月7日上午，他终于接到了国防部军事法庭的传票，要其12日到上海商会礼堂进行受审。
惊惧中的冈村在8日上午收到何应钦的口信：蒋主席、陈诚参谋长包括他自己对冈村在战后的工作甚为满意，表示感谢；上海审判是为了应付舆论，毋庸挂虑。
12日，在副官和翻译的陪同下，他来到法庭，检察官对他的作战经历和与之相关的部下的不法行为进行了调查，"大体上似乎没有我个人的犯罪事项"。审判后，庭长和翻译之间为他是否应该进战犯监狱进行了激烈争辩，石美瑜庭长坚决说，既然他能够受审，且健康状况良好，应该立即送往监狱。有着何应钦保证的翻译说现在寓所是国防部指定的，要搬离需国防部同意，最后居然还是国防部出面保释。
8月9日，不知道底细的石美瑜庭长向国防部继续提出冈村宁次应该被拘押在战犯监狱的建议，最终获得批准。对冈村的关注成为这个时期报章的特点，大批记者成天聚集在法庭之外，看见冈村就迅速围上去，但是，守口如瓶的冈村只是匆匆忙忙地在法庭和监狱之间进出，绝不多言。
