战后处理日本的另一重大问题是战争赔偿，受害最大的中国于1946 年初步估算损失在300 亿美元以上。由于1946 年日本的国内总产值不过40 亿美元，盟国曾议定赔偿额100 亿美元左右，以拆除机器和劳务方式支付， 中国要求获得其中一半。进入1948 年后，美国见国民党政权面临崩溃，将亚洲政策的重点转为扶植日本，便宣布免除日本赔偿责任，接着英国和国民党当局也被迫放弃索赔。
从此各受害国想得到实质性赔偿就不可能（60 年代日本对韩国和东南亚几国因建交需要给予了微不足道的象征性赔款）。战后日本当权者对美国的这些庇护和帮助，一直感激涕零，因此长期将自己绑在美国亚太军事体系的战车上。
