在南京，金百合行动的第一批执行者是宪兵队。被调遣来的宪兵特别行动小队四处搜查，扣压所有中国政府的财产，炸开银行的库房、抢劫富家及中产阶级的商人和其他人士的黄金、宝石、珠宝、艺术品和货币。1000多年来，南京一直是一个富裕的城市，许多有钱有地位的中国人在南京城里有别墅，在近郊有其他不动产。南京也不是第一次被其征服者洗劫，但这次却是最仔细和系统地进行的。据说，在这一阶段，秘密宪兵至少收集了6000吨黄金。对这个问题的历史研究显示，官方报道的掠夺数量往往只是实际数目的一个零头。另外还有无数中国人喜欢储存的小金块、白金、钻石、红宝石、蓝宝石、艺术品和古董也遭抢劫。这些都来自私人家庭和农村的坟墓。日本人做得如此彻底，甚至把尸体镶的金牙也敲下。
金百合计划运回的财宝，其下落至今仍是一个复杂的谜这些战利品从上海直接船运日本，或由火车、汽车运往满洲处理，稀有金属进行分等，其他的首饰被熔化后，重新浇铸为统一尺寸的金锭，然后再运回日本。通过陆路或是海上从中国运到日本的金块和白金块，或者存放在私人的保险箱里，或者放在日本一座山的隧道和地堡里。
