但东大内部涉及尖端科技的一些研究并未停止，1954年，东大航空与超音速空气力学研究班成立，召集人为东大教授、有"日本火箭之父"之名的系川英夫，他领导该研究班研发"铅笔式火箭"，不断取得突破。一些政府官僚希望将其成果用于军事。1959年，时任日本防卫厅长官伊能繁次郎表示，政府考虑支持系川的火箭研究。此后伊能繁次郎又公开称，有必要在东京大学等国立大学重设兵器制造学科。
当时正是日本反安保斗争进入白热化阶段。有舆论称，东大如果允许政府资助的军事研究在大学内"复活"，将是军部统治时代历史的重演，大学基于学术自由和社会公益，不能允许再制造"军产学复合体"。抗议活动纷纷而起，教授和学生们投书学校高层，要求"作出正确的决断"。在此情况下，东京大学在当年的最高评议会上通过决议："不用说军事研究，如果是涉嫌与军事有关的研究均应予以禁止。"1967年，东大最高评议会再次重申该立场。两年后，校方和大学职员自治团体签署协议，明文规定：东大不从事军事研究，也不接受来自军方的援助，这"两不"原则从此成为东大的既定立场。
