在此背景下，出身东大的"军人校长"平贺让的到来，更让该校成为日本对外战争机器上的重要齿轮。平贺让1901年以第一名成绩从东大工学部造船系毕业，官至海军技术中将，主持设计多艘海军主力舰，被称为"造船之神"。1935年，平贺让被派到东大工学部担任学部长，在他的主持下，东大工学部的造船、兵器制造和航空工学等科系快速膨胀，有针对性地批量培养"战争实用人才"，造船系还建成90米长的大型水槽，用于战舰设计与船型试验。
1938年，平贺让成为东京大学第13任校长，他采用铁腕手段整肃东大，宣布学校"全面进入战时体制"。1942年，平贺让在东大原工学部的基础上新建第二工学部，作为培养军工人才的"新蓄水池"。至1951年被废止前，第二工学部共培养超过2500名毕业生。据当时东大毕业生回忆，到了战争末期，东大已成为"战争前线的一部分"，大部分工学部学生都以"委托学生"的名义在船厂、地下战机工厂工作，物理学科的学生在进行导弹弹道研究，医学部的学生在研发毒药和毒气弹，一些学生甚至被调去研究用于"本土决战"的最终兵器。法学部和经济学部的学生则被派往前线参军，甚至参加"神风特攻队"，"很多年轻鲜活的生命都在'一亿玉碎'的口号中烟消云散"。
战后禁止军事研究始末
二战结束后，美军占领下的日本接受民主改造，各大学的"帝国"帽子被摘掉，"战时科研体制"宣布终止。东大第二工学部被废止，被改造为东大生产技术研究所。各军工科系也接受改造。兵器制造学科改名为精密工学科，航空动力学科改名为应用数学科，航空发动机学科改为内燃机学科战争。上世纪50年代，基于对战争历史的反思，日本左翼力量掀起和平主义运动和反安保运动，而知识分子聚集的东京大学也成为左翼力量和学生运动的中心。这决定了东京大学在高校从事军事研究这一问题上持反对态度。
