在潜艇被扣押期间，苏联潜艇的艇长、航海长、随艇出海的航海业务长被"请"到岸上接受瑞典军方调查。码头上布满头戴红色贝雷帽的瑞典特种兵，码头上停放着一辆军绿色面包车和一辆黑色奔驰轿车，随后身着黑色军大衣的苏联军官被拉走，一直等候的直升机再把他们送到不知名的地点接受盘问。期间，应苏联大使馆的请求，瑞典军方为该艇补充了淡水等给养，与此同时，两国政府一直在进行着紧张的外交谈判。
事发后，西方记者纷纷涌向现场争抢新闻。道义上占有上风的瑞典政府强烈谴责苏联军队的入侵行径，瑞典人也普遍感到愤怒，莫斯科方面则窘迫万分，这在外交上是非常丢脸的事情。苏联当局为了尽快平息风波，不得不向瑞典正式道歉，支付了65.8万美元的赔偿，1981年11月7日，S-363号潜艇在苏联编队护航下，由拖船拖回波罗的海舰队母港。
不过S-363号潜艇出事并未影响苏联海军对外监视活动。1982年2月，苏联核潜艇潜入意大利塔兰托海军基地，被意军舰跟踪了18个小时之久，同年8月，正当法国和意大利在塔兰托附近水域举行联合海空演习时，一艘不明国籍潜艇一直在跟踪意大利舰队，据分析这又是一艘苏联潜艇。
