地峡运河对巴拿马城来说，无疑是重新与世界贸易建立纽带的好机会。城中心最雄伟的建筑是"中央宾馆"，它曾经是法国运河公司的总部所在地。美国巴拿马铁路公司的到来也创造了巴拿马的新贵，他们或是铁路公司的高级职员，或是随铁路投资而新兴的当地银行、保险公司或船运公司的老板。但自从法国运河公司在1889年宣布破产后，整个巴拿马城都陷入可怕的退化：街道肮脏危险，教堂的钟楼摇摇欲坠，那些从西印度和中国来到巴拿马修建法国运河的劳工在破旧逼仄的木屋里时常遭到火灾的侵袭；没有外国商业，几乎没有国内贸易，风景如画的西班牙式建筑内居住的是贫穷和被忽略的人。过去70年来，巴拿马人一直有从哥伦比亚分离出来的倾向。而现在，新的美国运河可能意味着复兴。
克伦威尔的美国巴拿马铁路公司仍在美国的指导下运转，很多显赫的巴拿马人都在这个当地唯一的大公司内工作。它的总部却设在纽约。1903年7月，奥古斯丁 阿兰戈派在巴拿马铁路公司太平洋客运段的军官詹姆斯 比尔斯前往纽约，争取克伦威尔对巴拿马革命的支持。克伦威尔指示，让巴拿马城的人准备好革命。7月底，年轻富裕的大地主托马斯 阿利亚斯在他巴拿马城外的农场上邀请了20位贵宾参加午餐会，并发表了支持自由巴拿马的演讲。在场的还有美国驻巴拿马领事和巴拿马铁路公司的总裁助理。每个人都明白，他们的成功将取决于美国的支持，更具体地说，克伦威尔的支持。克伦威尔承诺给予秘密的支持，这样，如果巴拿马叛乱失败，铁路公司还可以维护在哥伦比亚运营的利益。一天，阿马多尔博士与阿兰戈医生正在铁路公司的大楼附近散步。阿马多尔对阿兰戈说，阿兰戈应该成为巴拿马的第一任总统。作为对褒奖的回应，阿兰戈用胳膊搂住年长的阿马多尔说："我，我认为你应该成为总统。"阿马多尔立刻回答说："好，那就我来吧。
"不久，巴拿马革命爆发。克伦威尔似乎有意从公众视野消失了。于是，一批巴拿马政治家策划了一次暴动。阿马多尔曾与法国人法瑞拉有过一次会面，要求获得600万美元的金援。法国和美国随后立刻承认了这个新成立的"独立"共和国。不到两个星期，美巴双方就达成了运河协议。美国作为巴拿马的保护国，拥有其10%的领土，巴拿马使用美元为其货币。
1903年10月的一天，在从华盛顿开往纽约的列车上，法瑞拉在思考，如何为巴拿马独立筹钱。他知道，如果没有美元或美国的军事援助，巴拿马人是不会起事的。他认为，600万美元要得太多了。这场叛变500个人就够了，每个人20～100美元，总共是5万美元；如果阿马多尔想多要点，那就是10万美元。年迈的阿马多尔医生对仅仅宣布巴拿马和科隆独立的目标不太满足。他说，反叛者的很多农场遍布哥伦比亚，如果仅仅是地峡一片独立出来，那些农场就会被没收。法瑞拉回答说："如果独立成功，巴拿马运河条约顺利签订，你将得到1000万美元，用于发动战争，收回其他省市。"这场在纽约沃尔多夫 阿斯多里亚宾馆发生的对话，被称为"巴拿马共和国的摇篮"。事后阿马多尔医生写信给自己的儿子："本想让你来见见法瑞拉，我在他面前提起过你。他说如果一切进展顺利，你会在公司获得好职位。……如果你不想去，他会在纽约帮你谋得个职位，他在这里很有影响力。"
11月，巴拿马共和国建立。在巴拿马独立的头几天里，阿马多尔一直在到处找钱，好付给支持革命的哥伦比亚官员。省政府没有足够的钱给他，直到晚上，才有一车骡子拉来的2.2万比索的银币分给士兵。这个时候，财政金库里除了法律文件外，空空如也。阿马多尔给法瑞拉发去电报，要求他如约拿出10万美元，但没有收到回复。阿马多尔从银行家菲里克斯 伊尔曼(Felix Ehrman)那里临时借来了8箱哥伦比亚银比索，才暂时缓解了财务之急。
法瑞拉收到了阿马多尔催款的电报。由于电报中没有指明法瑞拉想要的外交职务的任命，他让里昂信贷银行从海德尔巴赫银行支取了2.5万美元汇到巴拿马的以撒克Brandon & Bros银行，用于贿赂哥伦比亚的将军，以让他们撤军。仅仅3天后，美国宣布承认巴拿马共和国。11月6日，法瑞拉收到了任命通知，成为巴拿马共和国驻美国全权大臣。仅仅12天后的11月18日，《巴拿马运河条约》签订。在这十来天中所发生的事件，很大程度上定义了20世纪美国与巴拿马充满争议的关系。
上任后法瑞拉迫不及待地致电美国国务卿约翰 海伊，赞扬美国政府"用羽翼保护了我们的新生的共和国的领土"。然后他赶到华盛顿，与海伊在后者的家中共进午餐，他们讨论了巴拿马运河条约。随后，法瑞拉赶到纽约，拜会J.P。摩根本人。他要求这位年迈的金融家借给他的新共和国10万美元，用他自己的7.5万美元作为抵押保证。作为回报，摩根可以获得巴拿马金融代理这个职务，在巴拿马签订运河条约时，兑现1000万美元的补偿金。据法瑞拉事后回忆，一个小时以内他们就达成了协议。但因为J.P。摩根也是克伦威尔美国化计划的成员，所以这个交易可能事先早就商讨过。随后的几天内，法瑞拉又与国务卿海伊商讨过巴拿马运河的细则，其中包括这一条："巴拿马共和国给予美国所有的权利、权力和权威……美国可以像在主权领土上一样行为。……赋予美国的权利与特权不应受到哥伦比亚共和国领土的干扰。"正如一位美国历史学家所评论的："如何还能说运河区是属于巴拿马的？如果巴拿马人在那里既没有权利，也没有任何获得权利的前景？"
法瑞拉的行径也惹怒了克伦威尔，特别是他与英国银行所进行的一系列复杂的金融交易。一系列伦敦银行在革命之前向哥伦比亚政府提供了由美国政府担保的1000万美元的贷款。巴拿马独立成功后，哥伦比亚政府无法还贷款，银行的股东要求英国政府在巴拿马未能偿还英国银行贷款之前暂不承认巴拿马。自此，克伦威尔决定让法瑞拉远离任何与巴拿马有关的金融事务。最终，几天之后的11月26日，法瑞拉从哈德尔巴赫银行向J.P。摩根银行汇款7.5万美元，克伦威尔以自己拥有的铁路公司的证券为担保，又从Bowling Green信托公司给巴拿马贷到了10万美元，这笔钱转到了摩根银行，然后转到了巴拿马的Brandon& Bros。银行，最后用于贿赂哥伦比亚的军官。
到了1904年，克伦威尔频频造访即将卸任的战争国务卿鲁特(Elihu Root)。美国正考虑向法国支付4000万美元，给巴拿马1000万美元，买下运河权利。但克伦威尔有新的打算。他提出一套新的方案：J.P。摩根作为"特别代付机构"，他的银行向法国清算人和巴拿马付钱，一旦付清款后，美国财政部代表J.P。摩根担保支付。鲁特拒绝了。他不愿意过度依赖克伦威尔和J.P。摩根来进行这么大的交易。克伦威尔又去找财政部长商量，最后，美国财政部、法国运河公司、巴拿马共和国、J.P。摩根签订了协议。最终这笔5000万美元的巴拿马运河交易的价格，比美国购买路易安那州(1500万美元)、阿拉斯加(720万美元)和菲律宾(2000万美元)的总和还要多。交易那天，J.P。摩根向巴拿马政府支付了100万美元首付；巴拿马用其中62.2万美元支付了几家银行的贷款利息，其中包括J.P。摩根，剩下的37.5万美元给了巴拿马财政部。两周后，J.P。摩根进行了第二笔支付，900万美元，其中400万美元给巴拿马用作"公共建设"，剩下的用于"促进繁荣的投资"。巴拿马成立了一个特殊的"财政委员会"来管理这600万美元，监督者都来自J.P。摩根和克伦威尔的公司。他们在纽约购买了铁路债券和房地产，其中审核借款人资质和评估房地产的公司Douglas Robinson正是罗斯福总统的亲戚。最终要的是向法国人所做的支付。J.P。摩根亲自到巴黎，进行4000万美元的现金支付。摩根银行从纽约向巴黎船运了价值1800万美元的金条，然后向法国银行付清了总共4000万美元。之后，美国财政部向J.P。摩根颁发了4000万美元的担保，这是美国政府迄今为止最大一笔担保款。
哥伦比亚军官和支持革命的哥伦比亚官员拿到了钱；他们平均每人拿到了1万美元，有的高级将领拿到了3.5万美元。美国巴拿马铁路公司的美国官员也平均每人拿到了1.5万～2.5万美元；巴拿马"爱国者"每人拿到了2.5万～10万美元。而巴拿马运河的投资者包括J.P。摩根、J.E.Simmons、J.B.Delmar、亨利 塔夫脱、尼尔森 克伦威尔、Issac Seligman、Douglas Robinson，这些都是巴拿马政治投机事件中寻得到踪影的银行。在革命结束后，法瑞拉最终获得了44万美元，4000万美元中的60%则由这些银行家作为股份持有，最终他们的投资回报率高达1233%。从此以后，巴拿马运河区被纳入美国的金融体系。
