新教改革运动的发展有赖于改革者和反对旧信条统治者之间的良好合作。欧洲各国的统治者均憎恶罗马天主教会对他们各自国内事务的干涉。新教改革给王室提供了一个机会，他们可以借机无视已被削弱权威的教皇权力，维护自己不可撼动的国家主权。
新教改革的开端：路德宗对《圣经》的再发现
改革的呼声中包含着各种对天主教的质疑和抗议。路德宗的核心理论是三大信念：首先，上帝的恩惠是不受约束、无条件的，能否得到上帝施予的恩泽只看其有无信念，因此信徒获得了信仰上的自由，而无须再受原罪论的束缚。第二，《圣经》是基督徒生活的表述；作为上帝言词的记录，《圣经》是教会的唯一基础。每个人都有权谈论和以自己的方式理解《圣经》。他们对《圣经》的解读不再局限于神学家的说辞。教会的职能应为通过学习上帝的言词，帮助信徒与上帝相见。第三，每位基督徒都与上帝具有直接的联系，他们每个人都像牧师一样能与上帝直接沟通，即信徒皆祭司。神职人员与上帝并无特殊关系。
1521年，马丁·路德（中右）在沃木斯议会受审。
以上这些理论都说明，基督徒有探索《圣经》的自由，可以不同意神学家的说法，并可以与持有相同见解的人汇聚到一起。
新教各派纷纷涌现：与天主教会冲突加剧
从16 世纪20年代开始，关于《圣经》的讨论变得愈发热烈并使形势变得紧张，许多牧师和普通信徒反对所谓"真正教义"的老掉牙观念。在瑞士，身为牧师和新教改革家的胡尔德里希·茨温利(1484-1531年)在圣礼的意义上与路德观点产生了不同。后来，在新教改革运动中茨温利死于一场同天主教教区的战争。
16世纪30年代，德国再洗礼教派(Anabaptists)反对婴儿受洗，认为只有成人受洗才能让人与基督完成订立圣约的过程。再洗礼教派信徒的生活较为封闭，基本上处于与世隔绝的状态之中，此外还遭受着天主教和路德宗的迫害。
16世纪40年代，身为律师、神学家和新教改革家的法国人约翰·加尔文(1509-1564年)在瑞士日内瓦建立了神权市政府来管理上帝的选民。加尔文主义的预定论信条，即"无所不能无所不知的上帝决定一些人得以永生，而其他人则将永远死去"成为新教改革信仰体系中的核心教义。
1572年，圣巴托罗缪之夜：法国天主教徒针对加尔文教派的屠杀。
从16世纪60年代到16世纪末，名为胡格诺派的加尔文主义的法国追随者因持有不同信仰和怀揣政治野心，与法国天主教会频频爆发激战。1566至1588年间，荷兰加尔文主义者反抗信仰天主教的西班牙统治者，在荷兰建立了共和国。在这一极为特别的政治环境中，新教徒在改革宗教的思想和呼声中，坚定了反抗专制君主的决心。因为后者不能容忍他们的宗教信仰，并对他们怀有的政治抱负进行无情的打击。
君权与神权：新教改革如何改变欧洲秩序
到16世纪末，新教改革运动不仅打破了西方基督教的大一统一局面，同时也威胁到许多统治者的政治权力，因为对他们来说基督教式的自由等同于无政府主义。这一点早在1525至1526年，从德国农民和城市手工业者对达官贵族阶层的反抗上就已经表露无遗。在基督教倡导的自由旗帜下，农民拒绝被奴役剥削的地位，要求重获被统治阶级夺走的传统权利。到1526 年，德国贵族恢复了统治秩序。在这一过程中，有6至10万农民惨遭杀害。当时路德同其他新教改革者都站到了贵族一边，对其予以支持。
