接下来，为了团结幕府旧部服从新政权，明治天皇没有对幕府旧臣和反对势力进行灭绝性围剿，而是尽量劝其归顺，尽力安抚，使大批反对势力很快转过身来，为他服务。在明治天皇的努力下，德川幕府所占据的江户城实现了和平交接，德川家族也没有被斩尽杀绝，而是被移封到江户城西南的静冈地区。
新政权建立后，是仍然以千年古都京都为首都，还是迁都到幕府的所在地江户，出现了不同意见。为了实现权力的统一，防止幕府再生，明治天皇支持迁都。为排除反对派的阻挠，他以"外出行幸"的名义，两次考察江户，制造舆论。1869年，江户顺利成为日本国都，并改名东京。
在稳定了国内局势后，明治天皇通过废藩置县、中央集权等措施，重整国力，发展经济，摆脱了成为西方殖民地的危机，开始寻求富国强兵之路。
明治天皇（1867年-1912年在位）
1871年11月12日，天皇派出使节团考察西方，伊藤博文、大久保利通、木户孝允、岩仓具视等力主维新变革的风云人物从横滨出发，东渡太平洋，在美国加利福尼亚州旧金山登陆。在美国考察8个月后，又横渡大西洋，访问欧洲诸国，并于1873年回到日本。
当时的欧洲正处在如火如荼的第二次工业革命时期，从蒸汽时代到电力时代的大变革让日本使节大开眼界。一份使节团的官方日志写道："火车一到，我们刚把行李卸在旅馆，行程就开始了……我们站在钢铁呛人的气息中，周围烟雾蒸腾，身上落满了煤烟灰和尘土……回到旅馆，几乎还没来得及脱掉脏衣服，晚宴的时间又临近了……如果受邀去剧院，我们不得不睁大眼睛，竖起耳朵，注意舞台上的剧情……夜晚我们刚就寝天就亮了，卫队要带我们去参观工厂。"1873年3月15日，使节团还会见了统一德国的"铁血宰相"俾斯麦。俾斯麦对他们说："方今世界各国，皆以亲睦礼仪交往，然而这都是表面现象，实际上是强弱相凌，大小相侮。"
使节团不虚此行，回到日本后，大藏卿(后称财务大臣)大久保利通提出了"殖产兴业"的维新政策。他认为："国之强弱系于人民之贫富，而人民之贫富系于物产之多寡。"日本开始了天皇主导的经济、社会大变革。
明治天皇不仅明确表达支持维新的政治态度，还在生活方式上率先作出改变--喝牛奶，吃牛肉。此前，日本人深受佛教戒杀生思想的影响，很少吃肉。西风东渐后，日本人开始转变观念。当时的思想家福泽谕吉就鼓吹吃肉，认为日本人之所以矮小，就是因为没有吃肉的习惯。1872年，明治天皇试吃牛肉时，让报纸大肆报道这一消息，以作为"率先垂范"。一时间，民间吃肉之风盛行。
经济的发展和生活方式的改变，最终带来了政治制度的变革。1886年，明治天皇令伊藤博文组织人员起草宪法，并于3年后颁布实施。明治宪法所规定的日本天皇制，既不同于西方虚位元首的君主立宪制，也不是真正意义上的三权分立，而是具有日本特色的君主立宪制，其特点是天皇通过大臣的辅弼享有最高权力，主导行政、司法、立法等各个方面。
衔着子弹壳做的烟嘴
随着近代天皇制的建立和巩固，日本军国主义孕育而发轫。早在明治初年，日本统治集团就提出"大力充实军备，耀国威于海外"的方针，随后逐步确立了向中国和朝鲜进行侵略扩张的"大陆政策"。"大陆政策"的目标，是将朝鲜半岛、中国大陆乃至俄国的西伯利亚纳入日本的势力范围，称霸亚洲，最终与欧美列强争夺世界霸权。到明治天皇30来岁时，日本已经发展了一支相当庞大的军事力量，成为远东一个富有侵略性的国家--1874年入侵中国台湾；1875年制造江华岛事件，入侵朝鲜；1879年吞并中国的附属国琉球。
这样的维新结果绝非偶然。明治维新的主力是当年支持天皇的武士和被天皇劝说臣服的武士。他们尽管在西方大开眼界，开始穿西装、看歌剧、学外语、搞经济，但他们骨子里依然是在皇宫外血拼的武士。以杀伐征战、穷兵黩武为无上光荣的"武士道"精神，依然被他们继承和发扬。并且，他们越是发展经济，越能感受到日本国内市场狭小、资源匮乏的束缚。武士们解决这个问题的办法，当然是殖民掠夺。
对于明治天皇来说，还有一个目的就是转移国内视线。他30多岁时，日本国内发生了反对专制政治、争取资产阶级民主权利的自由民权运动。明治政府通过暴力镇压和政治分化瓦解了这一运动。为维护天皇制度的权威，不再重演幕府时代的傀儡悲剧，明治政府在资本主义尚未全面发展的情况下，急急忙忙地走上了对外扩张的道路。当年那个被皇宫门口的枪炮声吓昏过去的孩子，已经成为一个崇尚武力、好勇斗狠、以征服亚洲乃至世界为己任的天皇。他一年四季身穿旧式军装，骑着高头军马，衔着三八式步枪的子弹壳制作的烟嘴，经常在陆军大学毕业典礼或军事训练中抛头露面，还亲自参加实战演习，召见士兵，四处鼓吹要张扬"国威"，为日军官兵对外作战撑腰打气。他的后半生，与日本军国主义侵略紧紧结合在一起。
在国家财政困难的情况下，明治天皇于1893年决定，此后6年，每年从皇室经费中捐出30万日元，用于海军建设。为此，不但他本人节衣缩食，甚至每天只吃一顿饭，就连皇后也把首饰捐了出来。他对臣子们说："以后皇后只能用樱花来装饰头发了。"在皇室的鼓动下，政府官员主动献出1/4薪俸。正如他当年带头吃牛肉感动了东京市民一样，海军将士得知天皇每天只吃一顿饭，无不为之振奋，战争野心更旺盛了。
1894年，明治天皇以保护侨民为借口出兵朝鲜，挑起甲午战争。他在宣战诏书中说："朕虽始终与平和相始终，以宣扬帝国之光荣于中外，亦不得不公然宣战，赖汝有众之忠实勇武，而期速克平和于永远，以全帝国之光荣。"以慈禧为首的清政府在战争中失利，被迫签订《马关条约》，割让辽东半岛给日本。俄国对中国东北地区也抱有野心，因而伙同德国、法国进行干预，明治天皇只好下诏放弃对辽东半岛的永久占领。这在日本引起极大反响，"卧薪尝胆"式的报仇意识迅速蔓延。经过10年的扩军备战，日本终于在1904年至1905年的日俄战争中获胜，首次击败了一个欧洲强国，成为拥有朝鲜、库页岛(俄罗斯称萨哈林岛)南部及中国台湾的亚洲头号强国，有了和欧美共同瓜分世界的本钱。日俄战争结束后，明治天皇成了"东亚霸主"，实现了千余年前推古女皇采用"天皇"一词时的梦想--取代中华皇帝的地位。这时，他的所作所为与自己名字"睦仁"的含义已相去甚远。
1912年7月30日，明治天皇去世，终年不足60岁。他与皇后、皇妃共生育了15名子女，成年者仅有三皇子嘉仁和4名公主。夭折的10个孩子中，有8个是在14年内先后丧命的，平均一年半就办理一次丧事。明治天皇死后，只能由嘉仁亲王继承王位，即大正天皇，在位14年。大正天皇因患有精神疾病，未能正常理政，作为不大。明治天皇的孙子、1926年登基的裕仁天皇，继承了祖父的好战基因，而且在位时间长达62年，发起了更大规模的侵略战争，把世界拖入二战的深渊。
明治天皇在打开日本近现代大门的同时，也开启了一个罪恶深重的军国主义时代。他的后代也难逃战争带来的灾难。
