李旦是当时最大的贸易走私业者，抵达澎湖后，先和荷兰人商定谈判条件，再与福建总兵俞咨皋谈判，他提出"荷兰人从澎湖列岛撤走，但福建当局应该允许荷兰人到台湾岛贸易"的意见。福建官员很快同意了这个方案，和荷兰签订《明荷议和》，内容是荷兰退出澎湖列岛后，可以占领台湾岛，明朝官方没有异议;荷兰人可以到中国大陆通商，中国大陆商船也可以到中国台湾、爪哇与荷兰人交易。
这个戏剧性转折看似达成了荷兰人与明朝政府的正式协议，其实根本没有经过明朝政府的认可，而是福建地方官员为了尽快让荷兰人离开澎湖，找李旦说服荷兰人到台湾，因此有人将李旦称为"左右台湾命运的商业巨子"。
明清时期荷兰人在台湾
为什么李旦一出面斡旋，整个局势就快速地改变?
李旦是泉州人，洋名为Andrea Dittis，是住在日本平户的大海商，他在欧洲世界的知名度比在华人世界更高。西方人称李旦为"中国甲必丹"，是船长、司令官或首领的意思，他也算是日本侨界的领袖。
李旦与荷兰人早在日本就建立了商务关系，在中国台湾、福建和日本的三角贸易中，也是一方之霸。之前福建总兵俞咨皋即曾通过李旦的影响力，不让日本商人与中国海商到澎湖和荷兰人做生意，使荷兰人孤立无援;这次更通过李旦让荷兰人撤出澎湖到台湾去。现在回头看，荷兰人占领台湾，福建地方官应负起直接责任。
李旦介入谈判时，向荷兰人分析情势，建议荷兰人据守台南安平港，因为鸡笼和淡水不是优良的船舶停靠地，且附近番人很凶恶，虽然有金矿，但中国人不会说出金矿的产地。他的话影响荷兰人选择到中国台湾南部，也是中国台湾历史从南向北发展的原因。
李旦之所以积极协调，力促荷兰人放弃澎湖，带有私人利益的考量。他属于漳泉海商，菲律宾是其主要贸易地区，荷兰人占据澎湖之后，坚持"不准中国商船到马尼拉"条款，使他在中国台湾、福建与日本的三角贸易受到影响，若能让荷兰人放弃这个条件，最大受益者正是李旦等海商。后来荷兰人来到台湾，甚至完全要依赖李旦的中介，才能取得中国大陆的生丝。
民间海商竟然可以介入国家重大事务，可见明朝地方官商勾结情况之严重。但也正因如此巨大的商业利益，官商之间才积极合力地促成荷兰人在中国台湾落脚!荷兰人与中国台湾的关系竟在这种前提下联结，如今看来不免令人心生感触。
