韦麻郎被迫离开澎湖8年后的1612年，高等商务员科恩(Jan Pieterszoon Coen)率领两艘船抵达万丹(Banten，印度尼西亚爪哇岛最西端的贸易重镇)后，继续前往雅加达，后来科恩成为荷兰在万丹与雅加达的商馆馆长。
科恩具有旺盛企图心和战略宏图，他向董事会提出一份要将整个东印度地区纳入荷兰统治的新蓝图。到印度尼西亚7年后，他被升任为荷兰东印度公司总督，将雅加达定名为"巴达维亚"，作为公司在亚洲的总部。对于荷兰人来到中国台湾，他任内的决策颇具关键性作用。
为了要开发巴达维亚，科恩从非洲东岸、印度半岛与锡兰(今斯里兰卡)运来了大量奴工;但是他更属意中国劳力，认为"没有人能比中国人更好地为我们服务"。一方面是因需要劳力，另一方面是荷兰东印度公司董事会一再要求他打开对中国的贸易，而要获得中国生丝，最理想的地点就是与广东省接壤的澳门，于是他决定占领澳门。
为了对付占领澳门的葡萄牙人与马尼拉的西班牙人。科恩和英国合作，各派5艘船，以日本平户为基地，在台湾海峡与菲律宾之间巡行，以阻止西、葡的船只前往日本贸易，也阻挡中国船只前往马尼拉经商。
于是马尼拉的西班牙人主张在中国台湾设立基地，以便突破荷兰和英国的海上阻拦，和中国进行贸易。
科恩得到消息后，为了避免让西班牙人在对中国贸易上先驰得点，很快命令雷尔生(Cornelis Reijersen)组成舰队，攻占澳门或澎湖列岛，并先到台湾寻找良港。
雷尔生按照科恩的计划，进攻澳门失败后，就直接驶往澎湖马公，并占领澎湖;同时找了一名熟悉大员情况的渔民当向导，实地勘察后却发现港口不适合大船进入，只好放弃在台湾寻求良港。虽然荷兰人这次没有在台湾停留，却间接影响了日后留在台湾的决定。
福建巡抚商周祚听到荷兰人占领澎湖，立即要求他们撤出，建议荷兰人改道台湾淡水，还愿意提供引航人员，但雷尔生仍表示要固守澎湖。
当时荷兰人比较台湾岛和澎湖列岛，觉得除了澎湖的港口更适合让船货转运或停泊的因素之外，对于由巴达维亚、暹罗(今泰国)出航往来台湾与日本的荷兰海船来说，澎湖更是重要的中继站;再者，澎湖列岛距离中国大陆较近，可以阻截马尼拉的西班牙人、澳门的葡萄牙人与中国大陆、日本间往来的商船。就商业据点的选择而言，荷兰人认为台湾岛不如澎湖列岛理想。
于是，雷尔生开始在澎湖风柜尾筑城作为根据地。以荷兰人当时对澎湖地理位置的认识，却选择了海风非常强劲的风柜尾，这至今仍令人疑惑，因为风柜尾虽然地势可以扼守出入马公湾的船只，却不适合大船避风与货物装卸。可能荷兰人真正属意的还是到中国大陆沿海找寻通商据点，澎湖只是短暂停留之处;而且在商言商，荷兰人采取不卷入当地社会的立场，另一岸的妈祖庙附近为汉人居住、中国官员活动之处，因此据守风柜尾应是不得已而做出的选择。
荷兰的城堡建筑得很"克难"，巴达维亚命令不要盖得太大，以免造成公司财务负担;而且巴达维亚对供应砖石、石灰等建材，态度非常消极，因此大部分建材都是就地取材，通过挖掘现场土石堆成，再用草皮黏固。虽然有些部分是敲凿山上的岩石而成，但整体结构仍相当脆弱;加上澎湖多风雨，城墙经常倒塌，不断填土、用木板固定，仍然无济于事。这座位于风柜尾的"红毛城"可以说相当简陋。
澎湖除了渔产之外，没有生产制造日用品，荷兰人只好在厦门附近海岸寻找补给和贸易机会，甚至抢劫中国大陆的船只或登陆后打劫村庄。
雷尔生到澎湖，毕竟不是来打家劫舍的，于是到福州见巡抚商周祚希望进行贸易，商周祚却要求荷兰人先离开澎湖，才能与中国大陆进行贸易;雷尔生表示没有权力决定撤离澎湖，更要求中国船只不可以到马尼拉与西班牙人贸易。最后双方约定，由中国派人到巴达维亚与荷兰东印度公司总督交涉，但是谈判还没开始，福建、澎湖已经开打了。
新任福建巡抚南居益一上任就下令沿海实施戒严，要赶走荷兰人。此时，荷兰由法兰斯尊(Christian Franszoon)率领5艘船来到澎湖增援，并占领福建漳州河，不让中国帆船前往马尼拉，南居益设计将法兰斯尊的舰队引到厦门鼓浪屿，邀他上岸签订协议，半夜却以火船攻击荷兰船，杀死8个荷兰人，法兰斯尊等人被押到北京处死。
接着南居益发动第二次进军，雷尔生仍不愿撤出澎湖;第三次进军时，便以火炮包围荷兰人。雷尔生只好请示巴达维亚要求撤出澎湖，并多次请辞，荷兰东印度公司于是派宋克(Martinus Sonck)前来接替，宋克到达澎湖时，明朝官兵很快从4 000人增加到1万人，船只由150艘增为200艘;荷兰官兵不到1 000人，其中有100多人是少年。宋克要求进行和平谈判，但是明军已准备兵分三路进攻荷军，眼看一场战争即将爆发，这时，关键性人物李旦神奇地出现了……
