虽然启蒙运动理性高于情感的观点在当时知识分子的话语中占了主导地位，但是即使那些认同这一观点的人对理性的意义仍有不同的看法。一些思想家，尤其是那些早期法国启蒙运动的思想家，他们一直把理性与笛卡儿的理性主义哲学联系在一起。但是，其他人，尤其是英国的知识分子，他们把理性与培根哲学的科学探究方法联系在一起。牛顿对培根哲学和笛卡儿哲学进行了整合，整合的结果影响了启蒙主义的后期--特别是伏尔泰和让·勒朗·达朗贝尔捍卫牛顿物理学之后的几年--并且也推进了理性意义的又一转变。从所谓的启蒙运动高涨时期开始，理性不仅意味着精神高于肉体(笛卡儿的定义)，实验高于猜想(培根的定义)，还意味着科学和所谓的科学方法高于人文主义和印象派的研究方法。
艾萨克·牛顿
数学语言：唯一的理性话语形式
伴随上述对科学的评价而来的是数学"语言"。数学语言最初由霍布斯提出，他认为数学语言是唯一一种理性的话语形式，接着数学语言被诸如戈特弗里德·莱布尼茨(Gottfried Wilhelm Leibniz)和牛顿的思想家和科学家当作新的物理语言来使用，这使得数学语言成为理性至高无上的象征。
通过数学人们能够以完全客观的方式来了解宇宙的"秘密"。强调数学不仅发展了新颖的、不同形式的微积分、解析几何和其他先进的数学体系，还使得如下的观念深入人心：人类的语言在某种程度上是不完美的，一个真正理性的体系需要用数学语言表述。同时，对数学的重视也预示着人类最终能够通过数学语言全面地了解宇宙的本质。反过来，这使得人们甚至更加重视自然科学这一优于人文学科的知识探索，尤其是物理学的实践和研究。这对未来有着重大的影响，例如，19世纪的政治哲学家卡尔·马克思(Karl Marx)把他的理论系统称为"科学"社会主义(scientific socialism)，以此来表明，与之前的唯心主义者相比，他的系统是主观而理性的。
