在1987年爆发的第一次巴勒斯坦起义期间，以色列国防军用枪击、殴打、逮捕、毁坏住宅等手段试图镇压投掷石块反抗的年轻人，共有超过1,000名巴勒斯坦人丧生。1993年双方签署了《奥斯陆协议》(Oslo Accords)后，这种状况并没有得到改善。虽然新巴勒斯坦权力机构开始管理约旦河西岸和加沙的部分地区，但以色列人的定居点仍然存在，而以色列国防军检查站限制了巴勒斯坦人的活动。
当2000年第二次巴勒斯坦大起义爆发时，占领区发生了更严重的暴力事件。这一次巴勒斯坦人用枪支和自杀式炸弹袭击以色列人，而以色列人报复性地空袭了巴勒斯坦。6,000多名巴勒斯坦人和1,000多名以色列人在这些暴力事件中死亡。从很大程度上讲，和平进程也就此终止。
时任以色列总理沙龙
沙龙的"分离"计划
2003年，总理阿里尔·沙龙(Ariel Sharon)领导的下以色列政府，着手实施"分离"计划，以控制在以色列和约旦河西岸之间开展的所有运动。沙龙的计划是加强以色列的安全防御--在和平进程没有任何进展的情况下--将占领区内的犹太人和阿拉伯人分离开来。截至2011年，这一计划的实施使巴勒斯坦人的生活更加简单，其中许多人发现他们与自己的工作、活动领域或者他们的学校相隔离。但另一方面，从很大程度上来讲，以色列的恐怖袭击浪潮结束了。
2005年，沙龙单方面撤回了加沙地带9,000名犹太定居者，然后将以色列国防军也撤回，将当地的管理权交给了巴勒斯坦当局。但是激进的哈马斯在2007年夺取了加沙地带的控制权。在埃及、欧洲和美国的支持下，以色列对这片地区实施了严密封锁。这不仅是为了阻碍向以色列发射火箭的激进分子的军用物资供给，同时也是为了惩罚支持哈马斯的平民百姓。封锁使进口量减少至之前的四分之一，尽管有一些人通过埃及隧道偷运物资，但占领区人民的生活还是变得极度贫困。2010年，以色列和埃及开始放宽封锁，允许更多的消费品进入。
