枪毙是肃反委员会的全部智慧
1919年，考茨基在一本谈论恐怖主义的书中曾批评肃反政策是"革命的黩武主义"，肃反委员会"具有专断的权力，可以宣布任何被控告的人的罪名，随意枪毙那些不受欢迎的人"，"在'反革命'这个集合词下，把各种各样的反对者都包括了进去，不问这是发生在哪一类人中间，产生的动机是什么，用的是什么手段，抱的是什么目的"，总之，枪毙是肃反委员会的全部智慧；肃反的扩大化很容易陷入"诉诸暴力的雅各宾的恐怖主义"。他又批评革命后产生了新的官僚阶级，出现了独裁倾向；这个新阶级压制知识分子，钳制言论，侵犯新闻出版自由。
马克思和恩格斯历来反对各种形式的恐怖主义，也说过要警惕对雅各宾思想的留恋。德国女革命家罗莎·卢森堡也指出，俄国革命与法国大革命时期的雅各宾主义有相似之处。当时，雅各宾派的思想确实对布尔什维克党产生了很大的影响，一些革命领袖未能摆脱集权主义的观念。卢森堡担心这一类型的政治关系会导致国家生活瘫痪，人民缺乏生气，官僚主义肆虐和国家机器对公民言论自由的压制。但卢森堡是热情支持十月革命的，她承认"在当时的情况下，不可能要求列宁和他的同志们像变魔术那样创造出最美好的民主政治、最标准的无产阶级专政和繁荣的社会主义经济"。
在布尔什维克夺取政权之初，沙皇政府和克伦斯基临时政府遗留下来的很多行政部门和机关的官吏，甚至银行、铁路、邮电、医院、工厂、学校、军队中的不少职员、工人、教师、学生、军人都拒绝承认苏维埃政权。反对势力号召进行广泛的怠工，并组织了领导罢工的国家机关职员协会联合会中央罢工委员会。劳动者中弥漫着不满情绪，"这种不满情绪常常以暴力行动、甚至反抗形式表现出来……
将罢工者强制劳动
同时，由于城市缺少食品，也促使消极怠工的发展和工人流向农村。因此工厂和矿山中没有了劳动者"，全国性的停工造成严重的原料和燃料的缺乏。全国各地广泛的罢工、怠工令苏维埃政权陷入困境。苏维埃人民委员会发表声明，要罢工怠工者"服从政府，继续工作。如果拒绝，则按盗窃人民财产罪论处"；罢工被视为背叛，等同于军队的兵变。但是罢工、怠工潮还在继续。这个时期，政府开始建造"强制劳动营"和集中营，并颁布决议，命令把罢工、怠工者"编成受惩罚的工人队，把他们关进集中营"。
肃反委员会是"全能"的镇压机器，它首先打击的目标是报刊等舆论(如取消各反对派的报刊)、立宪民主党、右派社会革命党人和罢工怠工者；其主要任务是在全俄范围内镇压、肃清一切"反革命分子"和罢工、怠工行为，"不论这些企图和行为来自何人"，都要"作无情的斗争"；将一切"反革命分子"和罢工、怠工分子送交革命法庭审判。捷尔任斯基亲自指挥，逮捕了罢工委员会的领导人和众多罢工、怠工者。此后，苏维埃政权还采取了彻底改变工会职能和性质的措施，作出决议，实行"工会国家化"，规定工会不能作为一种组织上独立的力量，工会应当成为国家机器整体的一个附属部分，由中央行政机关直接领导。"工会国家化"事实上把理应由工会行使的职权上交给国家行政机关。由于决议的内容难以被大部分劳工和工会领导人所接受，故遭到强烈的反对。
左派社会革命党人担心肃反扩大化和镇压失控，坚持肃反委员会应该归司法人民委员部领导，有政治背景的逮捕必须事先取得司法人民委员部和内务人民委员部的同意。但司法人民委员部却决定，肃反委员会可以独立进行逮捕和枪决，作为一个"制止反革命的政治机构，它有权制定进行斗争的措施"。
于是，肃反委员会不特被赋予"巨大的权力"，而且弊在侦查案件时每每越过法律的界限，如可以任意搜查私人住宅。捷尔任斯基说：武装人员闯入私人住宅、剥夺"罪人"的自由是一种灾祸，不过我们现在必须使用这种手段来保证我们取得胜利。而列宁主张宽严有度，革命法庭对不是很严重的反抗行为应从轻量刑，他说："有人责备我们，说我们逮捕人。是的，我们是在逮捕人……有人责备我们，说我们采取恐怖手段，但是我们还没有采取法国革命者采取的那种恐怖手段，把赤手空拳的人送上断头台，我希望我们将来也不采取这种恐怖手段。我希望不采取这种手段，是因为我们有力量。我们每逮捕一个人，就对他说，如果你具结保证今后不再怠工，我们就释放你。"
到了1918年4月，经过肃反委员会的严厉打击，罢工、怠工潮终于平息。列宁一方面认为肃反机构是一种"必要的恶"，另一方面对它的活动是不大放心的，他经常过问具体的案情，监督肃反委员会是否"严格遵守社会主义法制"。但实际情况却是，列宁并不能完全掌控肃反机构的运作。
9月19日，苏维埃政府正式决定授予契卡可以不向革命法庭报告就行使逮捕和处决的权力，"这就把过去所做的一切合法化了"，"契卡就是负责执行这种革命恐怖的机构，它有权力消灭一切反对它的人"。就如一位契卡领导人所说的，在"革命恐怖"时期，"契卡完全独立地进行搜查、逮捕和枪决，只在事后才向人民委员会和苏维埃执行机构报告"。契卡的权力无限扩大，"肃反"的范围也任意扩大，已远远超出了对它所规定的限制，它不但镇压反对派，甚至对稍微表示不满的人也残酷斗争、无情打击。契卡在苏联各地建立了大量的"劳改营"，其中有一些是专门关押青少年和儿童的。
