关于后者。日方学者意见颇多。譬如，日方认为，"日军方面并没有……制定有计划有组织屠杀俘虏的政策。""（中方采用的）有些史料本身是否真实，应该考证后再引用……另外，如何选择史料也很重要，选择不同的史料其结论也会不同，如拉贝日记中既有关于日军的暴行，但同时也有对南京国民政府及守军的批评……"。
此外，虽然中方提出了异议，但"日方最后提交的文本中没有删除南京大屠杀中国方面次要责任的论述"，"没有修改关于中国军队焚烧南京很多建筑物的叙述"。综上，大致代表了日本主流学术界关于大屠杀的基本意见。⑦
