迄于今日，中日史学界关于大屠杀的基本性质与主要责任归属，早已达成共识。仍存有争议者，主要集中在两个方面：一是遇难者的身份及具体数字。二是事件过程具体细节的还原。
自2006年底至2010年1月底，曾由中国外交部与日本外务省主持、组织中日两国历史学者，开展"中日共同历史研究"。该项目，适足以反映上述分歧。关于前者，日方报告的说法是：
