同时，中美合作所还建立起了若干为美国海、空军提供气象情报的气象工作站、观测哨等，这些气象情报在美军对太平洋上日占岛屿展开逐岛进攻和轰炸日本本土的军事行动中，都起了重要作用。战后美国海军部的一份报告甚至有这样的评价：中国方面通过中美合作所向美国提供的日本占领区军事及气象情报，"成为美国太平洋舰队和在中国沿海的美潜艇攻击敌海军的惟一情报来源"。
除去军事行动外，中美合作所还进行了一些对日心理战、经济战方面的工作。如收听日伪电台广播并用秘密广播进行干扰和反宣传，展开宣传攻势瓦解日军士气，在日伪军中制造恐慌情绪，鼓舞敌后抗日军民斗志;印制汪伪储蓄券假钞偷运到沦陷区，扰乱日伪金融，并大量收购日货与沦陷区物资运回大后方……
