抗日战争胜利后，按照当初中美合作所成立时《协定》的规定，美方人员分批回国。1946年1月，中美合作所正式宣告结束，经军统局报蒋介石备案，中美合作所中的军统局人员回军统局报到，非军统局人员则发给三个月薪金资遣。
不过，因为中美合作所的中方负责人是在国民党内外名声都不大好的军统局负责人、特务头子戴笠，美方副主任梅乐斯又不顾美国当局禁令竭力介入中国国共两党冲突的内政，再加上该所训练的作战人员、警察和特工，获得的美式武器与设备器材，后来都被国民党当局用到了反共内战中，因此，该所便有了一个"扶蒋反共"的恶名。在中美合作所撤销之后，在其原址及其附近发生的监禁、虐待和屠杀政治犯的罪责，也被算到了它的账上。特别是在1949年国民党政权在大陆崩溃时发生的对被关押政治犯的集体大屠杀，更被视为"中美合作所大屠杀"，使"中美合作所"声名狼藉，成为后来反美、反蒋(国民党)宣传中的一个重要靶子。许多人不再清楚它当初究竟是个什么机构，而只以为它是一个血腥恐怖的集中营了。
