后来，军统局在援助及训练等问题上与英方意见严重分歧。
在1942年夏，流亡的法国戴高乐政府也曾派代表来中国，与军统局谈判建立中法特种技术合作所，主要是为了侦译法国维希傀儡政府的密电。但法方代表对所谈事项外行，军统局方面对这一流亡政府又不大看得上眼，最终未能谈妥。
真正合作成功的，是中国与美国联合建立的中美特种技术合作所。
据参加起草中美特种技术合作协定草案的军统局军事情报处少将处长鲍志鸿回忆，美国空军击落日本海军大将山本五十六的座机，就有中美合作所的军统局人员在电讯侦测和密码破译方面的功劳。
