成立不久，因苏德战争爆发，苏联无暇东顾而渐少过问。军统局也认为苏方提供的电讯器材不够先进而失去合作热情。该所建立约三年后撤销。
接着，在太平洋战争爆发前，在上海遭到日本人监视的英国驻华情报首脑门德内哥罗，由军统局辖下的游击武装忠义救国军借偷运日货之机将其藏在卡车中护送逃到重庆，他以英国大使馆商务参赞的名义提出与中国合组中英特种技术合作所，进行情报交流，英方并表示愿意援助武器装备和派专家帮助中国组建、训练一支敌后游击部队(太平洋战争爆发后又决定这支部队开赴东南亚战场配合英军作战)。
于是，军统局在1941年9月进行了研究，不久即在重庆近郊沙坪坝红槽房建立起了中英特种技术合作所，1942年1月又在沙坪坝小龙坎成立了军统局属下的别动军司令部，中英合作所主任及别动军司令均由前忠义救国军总指挥周伟龙担任。戴笠以军统局原混城队为基础，加上军统局人员，组成了别动军七个纵队。原拟开赴东南亚作战，因此第三纵队徐光英部已集结于桂南待命。
