其次是上海法租界引渡两名日本间谍的交涉。8月13日，江海关道在上海法租界同福客栈"查有形迹可疑人两名"，并从他们身上搜出关东地图、驻军情况和将领衔名以及暗写字据等。法领事以"倭人现归美保护"，将两名日本奸细"迳交美署管押"。清政府"查沪关所拿华装倭人二名，既经搜出图据，确系奸细，不在保护之列，按照公法应由中国讯明办理。美保倭民奸细，自不得一律办理，请商饬速交严究。"并要求美驻华公使田贝，迅速转饬其驻上海领事，"速将该倭人二名即交上海道审办。"清政府要求引渡两名日本奸细。然而，田贝宣称未接到总领事关于此案件的详细报告，拖延不决。清政府一方面积极与美驻华公使、领事交涉，另一方面，通过驻美公使杨儒向美国政府施加压力。美国政府明确表示："美国公使不能作为另一个国家的官方代表行事，此种官方关系乃美国宪法所不允许"。同时电令"田贝等人速交奸细"。在清政府多次努力交涉之下，9月1日，田贝才电饬驻上海领事，将两名日本间谍引渡给清政府上海当局。
尽管在上述日本间谍案的交涉中, 美国驻华外交官的努力都以失败告终, 但美国驻华公使田贝还是成功帮助一个名为川烟丈之助的日本间谍逃避清政府的拘捕, 安然返回日本。中日开战后, 美国受两国的委托, 代为保护中日两国在对方国家的侨民, 这本符合正常的国际法惯例。然而, 美国在保护侨民时，将保护侨民的对象扩大到在华日本间谍，并对其违背战时公法的间谍行为偏袒和庇护，这就暴露了他们袒护日本的立场。在日本间谍案问题上, 尽管美国政府的立场与驻华外交官有所区别, 基本信守了中立政策, 但这并不足以整体上否定甲午战争期间美国政府的亲日立场。由此可见，美国标榜的"不偏不倚"的"中立"并非"绝对"中立，而是披着"中立"的外衣偏袒日本，怂恿日本为自己火中取栗。
