冲突和变局
设制度局，康有为有两次上书，第一次在戊戌年的二月十九日；光绪召见后，第二次上书要求。这个时候，光绪皇帝询问总理衙门如何处理康有为第一份"正月制度局之折"？总理衙门的回复很直接："似不必另开制度局，设待诏所。"对这一回应，光绪非常不满："著该衙门另行妥议具奏。"以光绪谕旨论，对议复奏折如这般推倒重来，是唯一的一次。
皇上要办，下面属臣不乐意，怎么办？传统中国的权力运行已经成熟：拖！
这个时候，礼部候补主事王照给光绪皇帝上了一道书，"书中言请皇上奉太后游日本，以知日本崛兴之由，然后将奉太后之意，以晓谕臣民，以变风气"。王照当然看出清朝政治的二元结构，并尝试着调和光绪母子，以破胶着格局。后来王照回忆说："此照之意，欲和两宫，以名誉归太后，庶消变萌。"有意思的是，王照对变法与权力关系的认识，不同于当时断然对立的"维新"与"守旧"两派，在更具体的政治现实里，王照曾向康有为分析："太后本好名之人，若皇上极力尊奉，善则归亲，家庭间虽有小小嫌隙，何至不可感化。"但是，这一选择被康为有拒绝。政治的残酷，参与的双方正如硬币之两面，败者常以胜者之恶名之，其实未必一定如此。后来，变法失败后，王照亦流亡日本，他更坚持曾经的判断："自翁同龢黜后，大臣抗旨者，皆阴恃太后；然太后先年原喜变法，此时不得干政，激而阴结顽固诸老，实不过为权利之计耳。"按此逻辑，将变法之名让渡给慈禧，或许能破此僵局。
只是，这一设想，不见容于康有为，更不见容于反对派。
王照没有资格直接上书皇帝，需由礼部代奏，但这道充满调和意味的折奏，却被礼部压下11天而不送。王照当然急了，上书弹劾礼部堂官。人事本是政治的内容之一，人事纠缠却是多数政治冲突的关键，按王照后来的回忆，阻击他的并非礼部全部堂官，只是许应骙。他的理由是："请圣驾游外洋，安知非包藏祸心。臣等若贸然代奏，他日倘有意外，则王照之肉足食乎？"--许应骙的此论确定过于小人之心。光绪极端生气，回应这一说法："朕心自有权衡，无庸该尚书等鳃鳃过虑。"生气之下，光绪将礼部怀塔布、许应骙等全部6位堂官一应免职。光绪的反弹，的确猛烈。许应骙一人作为，结果礼部全部担祸，而礼部尚书怀塔布，"到部时甚稀，在他处画稿而不阅稿。闻革职，出涕曰：'我并未见人家折子说的什么话，跟他们一道革职，冤不冤？'"政治里的人事冲突，不会轻易结束，会有后戏。
这年的七月十九日，光绪罢免礼部六官，轰动一时，是维新期间最激烈的政治举动。但这一事件有一个更重要的细节：光绪没有就此次罢免，请示慈禧。
戊戌变法的举措里，有一个重要的措施即鼓励司员士民上书。罢礼部六官之后，最明显的反应则是上书陡增。过去的机构处理不及，于是在罢免礼部六官后，第二天，光绪下令将杨锐、刘光第、谭嗣同、林旭为军机章京，"参预新政事宜"。其主要工作即为处理司员士民的上书。
这四位新的军机章京，就戊戌变法而言，意味着什么？萧一山在其《清代通史》里判断："新党始正式参与政事。"与罢免礼部六官一样，这项新任命，同样也没有请示慈禧。在权力制衡的关系结构里，林文仁的分析是，"帝党终将权力之手，伸到后党的鼻尖"。
仅仅任命四位军机"秘书"，竟是将权力之手伸到对方鼻尖，有这么夸张吗？这得回到清一朝的权力制度。自雍正设定军机处开始，所有权力集中于皇帝，大臣的折奏，先由皇帝拆封，做出决定，然后军机大臣奉旨拟旨；但处理司员士民的上书，因为太多，所以变通成先由新进四章京提出意见、然后奏明，形成旨意，跟明朝"票拟"类似。虽然他们处理的是不算重要的文件，但由皇帝拿主意，还是由属臣出主张，是断然有别的。因此，在实际权力上，可以自己出主张的军机新章京，当然要大过奉旨拟旨的军机大臣。按此安排，光绪与慈禧的权力关系，无论事先请示还是事后汇报，都有可能就此落空。
康有为很敏锐地看到了新进四章京的价值，他极其夸张地描述："于是军机大臣同于内阁，实伴食而已。"不过，康此言仍一秉其"戏剧性"常态，将未来的可能移至现实。
在制度局没有任何实际进展之下，有了这一未来可能的权力空间的鼓舞，康有为及其维新派此时提出重开"懋勤殿"。梁启超定义："选集通国英才数十人，并延聘东西各政治专家，共议制度，将一切应兴应革之事，全盘筹算，定一详细规则，然后施行。"延续"制度局"的思路，增加"延聘东西各政治专家"，以新名目再造权力体系。日本的伊藤博文与英国的李提摩太，正好分属东西政治专家，在此议之下，他们恰逢其时来到北京。
"懋勤殿"，动作不小，光绪虽然很赞同，却需要请示慈禧，不敢擅权独断。七月二十九日，光绪去到颐和园，向慈禧请示。此时，慈禧已弄权38年，何等精通权术之人，她当然一眼看通"懋勤殿"之本意。茅海建分析："若同意开懋勤殿，将对其与光绪帝之间的政治权力关系进行大修改，而且会是实质性修改。也就是说，光绪帝10天前'擅自'罢免礼部六堂，是对其权力的否定，光绪帝此时提出开懋勤殿，将动摇她的权力基础。从她的角度来看，光绪帝已是两次发动'政变'。"
维新运动，自此急转直下。第二天，光绪给杨锐的密诏很清晰地表达了自己的处境。杨锐是后来被慈禧下令处死的"戊戌六君子"之一，他儿子藏好了这道密诏，慈禧死后，宣统二年他将其呈缴都察院，才终让世人知晓光绪那天见慈禧，大体是什么样的情形。--茅海建分析说："根据上述密诏的提示，可以想象七月二十九日光绪帝与慈禧太后争论的场景，并可得出三点结论：一、光绪帝向慈禧太后提出了建立议政机构的意见，也可能提出了由康有为及其党人参加或主持此议政机构的意见，慈禧太后则提出了对罢免礼部六堂官的指责；二、光绪帝的政治权力对建立议政机构、重用康有为及其党人以及罢免大臣，'实有未足'，该项政治权力属于慈禧太后；三、慈禧太后警告光绪帝，若有越出权限，其皇位'不能保'。"
