用于协调的"隐形成本"有所减少，用于拍卖的资金将成为显性成本。从无偿配置至有偿使用，新增成本将由航空公司承担。对于新成立的航空公司以及民营航空公司而言，尽管运营成本有所增加，但是能够获得一次相对公平地竞争更高利润的航班时刻的机会，他们是不会轻易错过的。
市场配置之后，新增的成本将通过怎样的方式进行消化，是否会直接转嫁给消费者？林智杰认为，在目前民航市场充分的市场竞争下，航空公司很难转嫁成本。"近年来，航空市场都是买方市场，很多航空公司甚至需要降价竞争，目前票价的定价权不在航空公司，而在市场。"他说。
广州民航职业技术学院副教授綦琦曾对媒体表示："票价长期看肯定会上涨，因为时刻要拍卖，公司就会增加成本，短期为了稳固客户不会调整票价，但长期有此支出，势必会转嫁到价格中去。"
民航局制定的《方案》一大亮点在于，对于航空公司获得的时刻资源，民航局允许其通过次级市场进行交易，在资本市场上进行流通。
《方案》规定，允许航空公司将初级市场以市场配置方式获得的航班时刻，在次级市场可通过交换、转让、出租、出售等方式进行交易；以行政分配方式获得的航班时刻，在次级市场可基于"一对一"原则进行交换。交易和交换可基于无偿或者有偿。
