就在横井等人积极游说盟总的同时，日本陆海军省也在紧锣密鼓地策划靖国神社临时大祭，为死掉的日本侵略军招魂。尽管此事遭到一些美军军官的强烈反对，但由于当时围绕靖国神社的处理问题，盟总内部发生了意见分歧，最后大家统一了意见，决定允许日本人举行大祭，并视大祭的情况来决定如何处置靖国神社。
1945年11月20日，在盟总的监视下，靖国神社举行了大祭，这是日本战败后的第一次，也是最后一次由国家主持的大祭。裕仁天皇和币原首相为首的政府各级官员以及日军代表参加了大祭，参拜者人数达到3万人。为了给盟总留下良好的印象，军人们穿着西服入列参拜……
日本人的伪装终于有了收获，1945年12月15日，盟总发布了麦克阿瑟第448号指令，即所谓的"神道指令"，宣布废止国家神道，实行政教分离。但这道命令却同意靖国神社脱离国家管理成为宗教法人，并与其他宗教团体享受同等待遇，靖国神社终于逃过了灭顶之灾。
罗马教廷代表劝阻麦克阿瑟，美为冷战考虑保留靖国神社
1946年4月，靖国神社接到盟总的新通告，禁止天皇参拜靖国神社。接着，在中国、苏联等国的强烈要求下，美军用水泥将靖国神社内纪念日军侵略战争的13米高的大石灯笼抹平。11月，盟总又发布了关于靖国神社的新指令，指出靖国神社是军国主义神社，不承认将国有土地转让给神社，靖国神社存在的合法性再次遭到了质疑。1951年9月，盟总批准了土地转让事宜，靖国神社最终得以苟延残喘。此时的靖国神社虽已降为一般性的宗教团体，但神社中供奉的战争亡灵的灵位并没有撤除。
