日军占领南京后，以第十六师团步兵第三十旅团为南京警备部队，佐佐木到一担任警备司令。所谓"警备"，实际上就是搜捕放下武器，在国际安全区避难的中国士兵。
第十六师团在"扫荡"残敌过程中，在国际安全区进行所谓的甄别搜捕，将头上有帽痕，手上有老茧的青壮年男子从难民中强行拉走，予以集体屠杀，其中许多人是普通的平民。
在搜捕中国士兵的过程中，一些毫无军纪可言的日军官兵还大肆强奸妇女、抢劫财物。在战后对日本战犯的审判中，许多南京市民指证日军"中岛部队"的暴行。所谓"中岛部队"，就是以中岛今朝吾为首的第十六师团。
第十六师团的覆灭
南京沦陷后，第十六师团在南京驻扎到1938年1月22日，此后，日军第十一师团步兵第十旅团(天谷支队)接替第十六师团步兵第三十旅团，担任南京的警备任务。
