随后，苏联海军总司令部再度让第18中央设计局出马，研制项目代号为"648工程"。据当年参与过相关工作的什马科夫博士回忆，为了满足上级对潜艇运兵的最低标准，设计组不得不尽可能简化生活配套设施（厕所从16处缩减到4处，每张吊床睡2人）。什马科夫说："设计方案完成后，我们都自嘲谁肯坐这种潜艇去打仗，谁就是把自己当牲口。"1960年10月，"648工程"拿出了全部图纸。1961年赫鲁晓夫视察负责造船的北方机械厂时，厂长沙波伊洛夫问赫鲁晓夫："海军究竟是想要战略导弹核潜艇，还是想要水下登陆舰，我们只能完成一样，否则一事无成。"赫鲁晓夫最终看上了战略导弹核潜艇，于是"648工程"宣布下马。
虽然建造水下运输潜艇的努力受挫，但苏联组建奇袭部队方面的准备却从未停止。1961年，苏军决定成立跨洋突击的特种部队，挑选出550名官兵，成立第27特种营，专门送到波罗的海港口利耶帕亚进行潜艇破袭训练。挑选过程中有许多奇特标准，如士兵身高不得超过170厘米，适合在潜艇内钻来钻去，因此该部队被戏称为"老鼠营"。
