两天后，美国助理国务卿邦迪在同澳大利亚外交代表团会见时一起讨论了印尼局势和军队应采取的战略。随后，在北苏门答腊省发生了大规模反共流血事件。当地一个同军队有联系的穆斯林青年组织四处搜寻并屠杀共产党青年组织的领导人，他们还开始在棉兰和其它北苏门答腊城市袭击华人中的共产党人，大批华人遭到殴打，房屋、商店被烧。在亚齐省，穆斯林狂热分子几乎袭击了当地所有的共产党人，一些亚齐暴徒甚至将人杀死后，将他们的头颅割下，挂在道路两旁的柱子上。
苏哈托"祸水东引"
在清共过程中，军方还将目标对准了苏加诺的总统权力。1966年3月11日，3名将领来到苏加诺的茂物行宫，迫使苏加诺签署所谓的"三一一命令"，把行政权力移交给苏哈托。1967年3月12日，军方操纵的临时人民协商会议一致通过撤销对苏加诺总统的任命，剥夺其所有职权。苏哈托也开始了他对印尼长达30多年的铁腕统治。
1965年那场屠杀将苏哈托带到了印尼权力的巅峰，在当时的国际形势下，亲美反共成了他对内实现印尼民族的认同，对外提升国际地位的快速途径。而当时正值中国处在"文革"前夕的特殊时期，"极左"思想蔓延到了社会政治生活的各个方面，外交政策也受到了严重的侵蚀，对于"红色革命蔓延到东南亚"的恐惧使得印尼更加紧了对中国的警惕和排斥。印尼军方将中国视为印尼共产党的后盾，"9·30"事件因此被祸水东引到了华人身上。
