另一方面，朝鲜内部的政治格局也更加错综复杂。朝鲜国门打开以后，外国势力开始全面进入朝鲜。朝廷内部，闵妃集团推倒大院君时代的一切制度，表示要"开化自强"，效仿清朝的"洋务运动"进行改革，按照清朝总理衙门的模式设立了统理机务衙门，派使团赴中国和日本访问学习。1881年创立新式军队--别技军，由闵妃的侄子闵泳翊掌管，开始招募日本军事顾问改造军队，编制训练新军。军制的改革触动了朝鲜旧军人的利益，招致一部分人的强烈反对，他们开始怀念大院君的"斥倭锁国"政策，并密谋起事，准备拥戴大院君长子李载先，废黜高宗，让大院君复出执政。但是尚处在准备阶段便被闵妃探知。30多名首要分子被诛杀，李载先因是国王李熙胞兄而赐自尽。大院君的势力遭受清洗。
1882年，朝鲜大旱，人心浮动。这年7月，朝鲜发生京城侍卫部队联合城市贫民的起事，史称"壬午兵变"。在士兵行进的同时，大量的手工业者、小商人、城市贫民等汉城普通市民加入了这次起义，使"兵变"迅速转化为社会矛盾总爆发的"民变"。大院君利用局势，引起义军人把矛头指向闵妃。民众冲进王宫搜寻闵妃，闵妃装扮成宫女，逃出王宫。下午17时许，成千上万的朝鲜军民开始围攻日本公使馆，起义士兵和市民与日本人激战至深夜，他们焚毁了公使馆周围的民房，日本驻朝公使花房义质被迫烧毁公使馆，仓皇逃走。
一时汉城大乱，政局陷入瘫痪。高宗李熙无奈之下，不得不把生父大院君召入宫内，由他主持国政以收拾乱局。李昰应趁机入宫掌权。大院君上台后，打击外戚势力和腐败官吏，废除闵妃集团执政时的一切措施，恢复锁国政策。
因为清朝在朝鲜向不设官，直到8月1日清廷才从驻日公使黎庶昌的电报中得知兵变。黎庶昌急电清廷，建议"中国宜派兵船前往观变"。闵妃集团的官僚金允植、鱼允中向清朝求救，请求出兵朝鲜。原本告假回乡奔母丧的李鸿章被紧急召回处理此事。经过紧急商量，8月9日，淮军将领吴长庆、水师提督丁汝昌、候补道马建忠率军乘威远等三舰赴朝。其中庆军六营直入汉城，"旬日之间，祸乱悉平，人心大定"。
"壬午兵变"被清朝平定，上台仅33天的大院君李昰应再次倒台。因为被认为是这次兵变的幕后主使，大院君被清军诱捕，用船押送天津。大院君刚被禁时既悲且恨，颇有抵触，"在船颇切危惧，食物概不入口"。大院君后来被监禁于直隶省城保定。李昰应的国王生父身份令同是皇帝生父的光绪帝生父醇亲王奕譞非常同情，他反对囚禁李昰应，并为其求情。到了1885年，大院君才被释放回朝鲜。
另一方面，当日本驻朝公使花房义质逃回日本、报告了事变经过之后，日方决定以保护侨民的名义派兵朝鲜。8月12日，花房义质回到汉城，并带来了1500名日军和4艘军舰，要求朝鲜赔偿损失。兵变平息之后，日本与朝鲜政府签订《济物浦条约》。除了要求朝鲜赔偿之外，还要求朝鲜允许日本派1000名警卫驻扎朝鲜，保护日本侨民和公使馆。而清国对此十分警觉，又急速从本土增调3000人的兵力开进朝鲜，向日本施压。因此清、日两国皆驻军汉城，形成对峙局面--现在看来，在"壬午兵变"中，清朝在军事上是成功的，但在外交上却颇为失分。
在派往朝鲜的清军阵营中，有一位年仅23岁的青年军官，他便是后来权倾一时的袁世凯。一年前，参加乡试不中的袁世凯，前往登州投奔驻防当地的淮军将领吴长庆。1882年为乡试年，袁世凯本欲应举，但是朝鲜突发的这场事变，不但打乱了他的计划，而且自此彻底改变了他的人生轨迹。
跟随吴长庆的部队东渡朝鲜的袁世凯，在平定战乱过程中表现突出。当时也是他协助吴长庆诱捕了大院君。事件平息之后，吴长庆在给清廷的呈报中特别表扬了袁世凯，说他"治军严肃，调度有方，争先攻剿，尤为奋勇"。事后论功行赏，袁世凯被授予五品同知官衔。"壬午兵变"后，朝鲜王室重新编练新军，袁世凯因在平息事变中表现突出，也受到王室器重。当年23岁的袁世凯则以帮办朝鲜军务身份驻扎朝鲜，协助朝鲜训练新军，开启了袁世凯练兵的先河。
"壬午兵变"平定后，闵妃在清军护卫下回到汉城，朝鲜政府再次改组，闵妃集团重新掌握朝鲜政权。在清军的帮助下，朝鲜政局动荡一时平定下来，但表面的平静背后，又暗暗酝酿着下一轮的不安。
"壬午兵变"之后，朝鲜王室对清廷的向心力大大增强，请求清军帮助善后，清政府借机对朝鲜实行了全面控制。平乱的庆军六营全部留驻朝鲜，并帮助朝鲜训练新军，在军事上加强了介入。此外，由清朝推荐的马建常、穆麟德代理朝鲜海关，朝鲜的海关和外交事务实质掌握在清廷手中。最重要的是，李鸿章为确定中朝关系，于1882年10月订立中朝贸易章程，在其序言内声明："此次所订水陆贸易章程系中国优待属邦之意，不在各与国一体均沾之列。"这显然是再次强调清朝与朝鲜的特殊关系。缔约后，清朝派商务委员陈对棠驻朝鲜，李鸿章希望通过这种缔结条约的方式，在国际社会中确立中朝宗藩关系的地位。
当时清廷内部还出现了另一种声音。梁启超后来在《李鸿章传》里提到，1880年，清朝驻日本使节何如璋给总理衙门写信，要求主持朝鲜外交，称中国应当在朝鲜设立专门的办事大臣。李鸿章说如果在暗地里对朝鲜进行秘密保护，还是在能力范围内的。"倘显然代谋，在朝鲜未必尽听吾言，而各国或将唯我是问，他日势成骑虎，深恐弹丸未易脱手云云"，担心朝鲜问题处理不好成了麻烦。"壬午兵变"之后，张謇甚至主张改朝鲜为郡县，或置监国，或置重兵，改革朝鲜内政；翰林院张佩伦请征朝鲜，派员管理朝鲜的外交……但这些相对激进的主张都未被李鸿章采纳。平心而论，当时的清朝其实也早不具备这种实力了。
因为"壬午兵变"中造成日本平民的死亡，事变后，朝鲜国王派遣几位代表前往日本表示谢罪，担任全权特使的叫金玉均。金玉均出身朝鲜没落贵族家庭，金玉均认为，要挽救国家和民族危如累卵的局面，要实现文明开化和富国强兵的夙愿，就必须进行大规模的改革。在这方面，日本的"明治维新"对金玉均影响最大。金玉均在日本拜维新派思想家福泽谕吉为师，一心想在朝鲜发动一次明治维新式的改革。回到朝鲜后，他与一些志同道合者结成开化党，开化党以青年贵族为主。
1882年的"壬午兵变"令金玉均产生强烈的反清情绪，他曾对英国驻日公使巴夏礼表示："清国对大院君实施绑架和以后对他的处理对朝鲜来说是国耻。"因此，他的开化党主张"外结日本，内行改革，联日排清，脱离中国，宣布朝鲜独立，实行君主立宪"。他们寄希望于借助日本的支持以扩张政治势力，实现一场大规模的政治经济改革。
"开化党"们经过几次密谋，决定采用非常规手段，推翻守旧派政权。1884年8月，中法战争爆发，清军节节败退，其在朝鲜的威信急剧下降。同时，清廷为了应付与法国的战局，将原先驻扎朝鲜的3000名军队调动一半到华南前线。金玉均等开化党人认为时机已到。
1884年12月4日，"开化派"借京城邮政总局新厦落成时，发动政变，金玉均趁乱将国王李熙迁入景佑宫。与此同时，开化党人在宫外放火制造骚乱，金玉均趁机"建议"李熙请日军来保护。惊恐不定的高宗表示同意，用铅笔写"日使来卫"四字。日本驻朝公使竹添进一郎便以此为由，率领200多名日军赶到王宫，与开化党的50名士官生徒一同，把高宗所在的景佑宫内外围得严严实实，一些守旧派大臣被开化党刺客杀死。
这就是著名的"甲申政变"。政变一时取得成功，开化党组成的新内阁，并在12月6日，对外宣布十四条政纲。其中第一条就要求清政府早日释放大院君回国，并且明确提出要脱离与清国的宗属国关系，建立独立国家。
袁世凯是在第二天才得知政变确切消息的。鉴于袁世凯在整饬军纪、训练新军中的出色表现，1884年春吴长庆奉调回国之际，保举袁世凯来负责留驻朝鲜庆字营。袁世凯借助这个平台，很快与国王和当朝主政的"东道西器"派大臣们建立了良好的关系。由于有了这层关系，袁世凯的沟通能力和对朝鲜政府的影响，反而高于清廷的外交代表。为此，他又受到北洋大臣、负责外交事务的清朝重臣李鸿章的器重。
因为顾忌到宫中还有日本军队，袁世凯开始还较为谨慎，不敢擅自行动。不久，未遭开化党清洗的中间派大臣金允植、南廷哲等纷纷跑到清军大营，"痛哭乞师"，要求出兵。袁世凯也在众人犹豫不决的情况下，果断决定率清军入宫镇压开化党。为了打消众人的疑虑，袁世凯承诺"如果因为挑起争端而获罪，由我一人承当，决不牵连诸位"。
12月6日，袁世凯、吴兆有、张光前等率领1500多名清军，同拥护国王的朝鲜军队一道进入王宫，击败开化党人和日军，将李熙解救。随后，高宗李熙在清军保护下入宫。由于开化党人严重脱离群众，所以金玉均发动政变时，汉城市民都认为开化党勾结日本人挟持国王，夺取国家政权，因而当时反日情绪空前强烈，汉城市民纷纷聚集起来，围攻日本公使馆，300多名日本侨民也遭到市民的追杀，涌入公使馆内。日本驻朝鲜公使竹添进一郎自焚公使馆，率部逃亡仁川的日本领事馆。金玉均的政权仅存在3天，便告流产。
在平息政变过程中，汉城发生了朝鲜人和日本人互相残杀的事件。步兵大尉矶林真三以下40名日本人在这次政变中被杀死。所以事件平息之后，日本开始同清朝交涉。当时正忙于中法战争的清廷，为了避免腹背受敌，以集中力量对付法国，决定采取息事宁人的态度。1884年12月15日，清政府指示李鸿章："目前办法，总以定乱为主，切勿与日人生衅。"
1885年2月底，日本全权大臣伊藤博文启程来北京，与清政府交涉。经过两个多月的谈判，4月18日，清政府与日本签署了《中日天津会议专条》，主要内容如下：
3.朝鲜若有变乱或者重大事件，清、日两国如果其中一国要派兵入朝，应先行文知照对方。
李鸿章当时之所以同意撤兵，一是因清朝彼时正在越南用兵，二是他认为派兵驻朝鲜是为了防日，日本既已撤兵，中国已经没有留兵的必要。对于局势，李鸿章还比较乐观："以后彼此照约撤兵，永息争端。"
但是，《天津条约》在事实上第一次确立了日本在朝鲜同清朝对等的地位，也使中国的宗主国地位发生了根本的动摇--先前由中国独享的宗主国权利，改由中日两国分享，日本取得了向朝鲜派兵的权利。尤其是第三条，如果朝鲜发生事变，中日两国想要派兵前往，必须互相通知照会，梁启超后来是这样评价的："《天津条约》说明中国对于朝鲜之权利义务与日本平等，中国既可目朝鲜为我属国，则日本亦可目朝鲜为彼属国也。""于是朝鲜又似为中日两邦共同保护之国，名实离奇，不可思议。"为10年后清日两国出兵朝鲜提供了合理性，也为后来的冲突埋下伏笔。后来两国各执一词，纠缠不清，终于酿成了战争。这在后来被公认为是清朝外交政策的一次巨大失败。
值得一提的是，1885年的天津谈判，是李鸿章与伊藤博文的第一次会面。时年62岁的李鸿章在见了比自己小18岁的伊藤博文之后，禁不住大赞对方是治国之才，并意识到未来日本将是中国最强劲的对手。"该使久历欧美各洲，极力摹仿，实有治国之才，专注意于通商、睦邻、富民、强兵诸政，不欲轻言战事，并吞小邦。大约十年内外，日本富强必有可观，此中土之远患而非目前之近忧，尚祈当轴诸公及早留意是幸。"果然一语成谶。10年后，李鸿章东渡日本收拾甲午战争残局--签订《马关条约》，而坐在他对面的，正是老朋友+老对手的伊藤博文。
甲申政变失败后，开化党人遭到了朝鲜政府最残酷的处罚。金玉均虽侥幸逃脱，但作为"逆贼"之首，其家属无论男女老幼都被连坐处死，其他开化党人及其家眷也多被处决。与此相反，这场政变最大的"赢家"是袁世凯。当时正被中法战争搞得焦头烂额的清廷与北洋大臣李鸿章，接到甲申政变、清军卷入的消息时，十分震惊。不过还没有想好对策之时，又得知清军已及时平叛，而没用国内派一船一舰、添一兵一卒时，清廷和李鸿章实在是大喜过望。李鸿章对袁世凯的好印象再加一重。
另一方面，清廷在朝鲜的身份也日渐尴尬甚至遭遇挑战。在朝鲜，清廷自认为是"天朝上国"，不屑于与属国互派使节，因为互派使节就意味着关系平等，有违"天朝"的体制，只派陈树棠以"总办朝鲜商务委员"名义驻汉城，监管朝鲜之商务和外交。但是这种与国际公法有落差的做法，也不为驻汉城的其他列强诸国使节所接受，否则等于他们也承认清廷是高其上等的"上国"。所以他们经常借口所谓"商务委员"充其量是个商务代表之类的角色，不具有全权使节的地位，在外交场合往往故意轻视清使，以此贬辱清廷。
《天津条约》签订后，按照双方约定，清朝开始从朝鲜撤军，吴兆有、张光前、袁世凯三个带兵官员也都离开朝鲜。只有商务委员陈树棠留下。当时朝鲜情况甚为复杂，清廷既不肯放弃对朝鲜的宗属关系，对朝鲜的内政外交都要干涉过问，这种局面显然不是一般人所能应对的。经过一番考虑，李鸿章向总理衙门提议由袁世凯接替陈树棠。因为在朝鲜的一些行为遭到同僚攻击，袁世凯在1885年初归国后便赋闲在家，以避攻击。没想到，更大的责任很快落到他身上来。1885年10月，李鸿章命袁世凯护送大院君回朝鲜。年仅26岁的袁世凯被任命为驻扎朝鲜"总理交涉通商事宜大臣"，位同三品道员。
当袁世凯再返朝鲜后，发现朝鲜政局又发生了微妙的变化。甲申事变后，朝鲜王室对清廷失望、对日本惧怕，开始逐渐同北方强邻俄国靠拢。此时日本在朝鲜采取低姿态，不再是主要矛盾，而且鼓励清廷出头抵制俄国对朝鲜的渗透。由于送回大院君，主政的后党集团离心倾向日趋严重，亲近清廷的大臣或被排挤，或无实权，从国王、闵妃到政府内的大多数大臣均倾向于联俄拒清。管理朝鲜海关的德国人穆麟德本是由清朝派去，后来却在暗中鼓励朝鲜投向俄国，被李鸿章撤换回来。
