激进分子们认为以色列必须被消灭，西方国家，尤其是为以色列提供赞助和庇护的美国将为帮助犹太国家付出惨痛代价。后来，正如基督教分裂成了罗马天主教、新教和东正教，伊斯兰教也分裂为逊尼派(Sunni)和什叶派(Shia)。基地组织和其他类似组织都属于逊尼派，而什叶派也有自己的宗教激进分子。逊尼派和什叶派可谓水火不容，各自教派的狂热分子完全蔑视对方，并时常对异教徒宣泄愤怒。
埃及前总统穆尔西，穆斯林兄弟会成员。
伊斯兰原教旨主义的起源与发展
可以肯定的是，策划9·11事件的伊斯兰恐怖分子就是固守逊尼派中世纪模式的宗教狂热分子。这种极端保守的伊斯兰教义的现代起源，可以追溯到18世纪阿拉伯半岛掀起的瓦哈比派运动。这次运动是以伊斯兰学者穆罕默德·伊本·阿卜杜勒·瓦哈比(Muhammad ibn Abd-al-Wahhab)的教义为依据的。他的教义旨在恢复伊斯兰教的"正道"，严格奉行认主独一的教义。瓦哈比的教义最终获得沙特家族的支持，后来沙特阿拉伯一直奉行这套教义。近年来沙特阿拉伯的领导者们宣布不再坚守瓦哈比教义，这一举动激怒了本·拉登。
20世纪中叶，穆斯林兄弟会(Muslim Brotherhood)在埃及兴起，壮大了伊斯兰教中的保守派。兄弟会拒绝任何违背伊斯兰教原则的现代化，主张回归传统的伊斯兰教义。兄弟会在埃及的发展壮大引起了埃及政府的敌视，政府将兄弟会列为违法组织，监禁并处决了其领导人。尽管如此，兄弟会及其教义在伊斯兰世界赢得了许多信徒，尤其是中东地区的阿拉伯人。
1979年苏联入侵阿富汗，对伊斯兰激进和保守分子开展恐怖活动起到催化作用。阿富汗是一个落后但非常虔诚的伊斯兰国家。20世纪70年代末，阿富汗被本土与苏联保持密切联系的某些人所控制。由于各种原因，越来越多的阿富汗人表示出对这种领导的不满。在这种情况下，苏联决定出兵阿富汗，支持那里的左翼分子。这一决定引发了游击队的叛乱。
后来，越来越多虔诚的穆斯林聚集到阿富汗，帮助当地人民驱逐异教徒，推翻傀儡政府。这些参加圣战的穆斯林游击队员大多是阿拉伯人，虽然阿富汗没有一个部落是由阿拉伯人组成的，但沙特阿拉伯向阿富汗提供了大量圣战者，其中包括本·拉登。和越战如出一辙，由许许多多普通民众组成的游击队重创强大的苏联红军，造成苏军大量人员伤亡。苏联不仅损兵折将，而且为镇压叛乱耗费了大量资金，却最终以失败告终。美国在这次战争中扮演了苏联在越战中的角色，向圣战者提供资金和武器援助，包括向本·拉登的武装力量提供援助。
