由于美国的包庇，虽然侵华日军实施细菌战、化学战的事实早已真相大白，但日本政府至今不认错。虽经中国细菌战受害者多次向日本政府起诉、抗议，但一直到2002年8月，日本东京法院才作出"认定有侵华日军曾发动细菌战和杀害中国人民的事实，但拒绝向受害者赔礼道歉及经济赔偿"的裁决。不愿反省或否认自己过错的民族，极有可能重蹈覆辙。
第四，虎头蛇尾是东京审判的明显缺陷。第二次世界大战结束后，1948年3月，美国国务院政策计划委员会主席乔治釰凯南与麦克阿瑟共同提出，并得到美国国家安全委员会批准的对日本的"新方针"为：美国政府应保护日本不受共产主义的威胁。因此，美国必须在日本留驻军队，缔结对日和约应该是简单的、一般性的，而不是惩罚性的，等等。此前，美国就释放了大资本家鲸川和航空工业巨头中岛等人。这些人没有受到审判，也就使日本侵略的根源没有得到彻底揭露。1948年12月24日，即对7名甲级日本战犯执行绞刑的第二天，麦克阿瑟总部即宣布，释放仍在巢鸭监狱中服刑的岸信介等19名甲级战犯嫌疑犯。
1950年5月15日，中华人民共和国外交部发表声明指出："中央人民政府认为驻日盟军最高统帅麦克阿瑟违法越权的行为，不仅破坏了第二次世界大战中远东同盟国关于设立国际军事法庭的协议，不仅破坏了远东国际军事法庭惩治日本战犯的庄严判决，同时，这种狂妄行为必然严重损害了中国人民以八年血战换来的制裁日本战犯的基本权利，损害中国人民防止日本法西斯侵略势力复兴的基本利益。因此，中华人民共和国中央人民政府对于麦克阿瑟以单方命令擅自规定提前释放日本战犯一事，绝对不予承认。"1950年11月21日，远东盟军总部又非法释放判刑本来太轻而且刑期未满的重光葵，他不久就当上了外务大臣和副首相，荒木贞夫、畑俊六等也被释放，贺屋兴宣甚至重新回到政界。
