美军在硫磺岛战役（美军伤亡26000余人，日军伤亡28700人）和冲绳岛战役（美军伤亡44100余人，日军伤亡13.5万人）中因日军的拼死顽抗而遭受重大伤亡，倘若美军要登陆日本本土作战，据美国军方估计，大概还要付出100万人的伤亡代价，并推迟到1946年的秋冬才能进行。所以，美国单方面放宽对日本投降的条件要求，由美国起草，以美中英三国政府名义发表的敦促日本投降的《波茨坦公告》，美国有意不写进废除日本天皇制的条款，日本军国主义集团恰恰利用了美国政府这一点，从而达到了保留天皇制度进行投降的目的。
第二，没有把反人道罪作为独立的起诉原因，是东京审判的严重不足。反人道罪包括日本对朝鲜、台湾等殖民统治地特别是在中国的占领区进行的残酷统治罪行，但在检察官的起诉书中几乎没有涉及这些问题，更没有把日本殖民统治的暴行作为战争犯罪来进行追究。战争最大的受害者即亚洲各国特别是中国民众的被害没有被摆到审判的正面。
第三，没有起诉搞细菌战和化学战的日本战犯，是东京审判的严重缺失。由于美国的庇护，在远东国际军事法庭审判的日本战犯中，有5000多名日本军人公然违背国际公约在中国进行细菌战和化学战，参与了细菌武器、化学武器的研制、生产和使用，包括惨无人道的用活人进行实验，理应受到严惩，但细菌战干将石井四郎、北野政次、若松有次郎、增田知贞等人，却被美军占领当局保护起来，并掩盖其重大的战争犯罪事实，成了为美国提供细菌战研究情报的"有价值的合作者"，而被免于起诉。作为交换条件，石井四郎等20名"细菌战专家"，向美国提交了长达60页的人体实验报告、20页的19年的作物毁灭研究报告和8000张"细菌战实验人体及动物的解剖组织"幻灯片；另还有石井四郎本人从事"细菌战各阶段研究20年经验的专题论文"。
