在美国人梅乐斯看来，中美合作所最核心的是他来华训练的游击队。抗战期间，中美合作所在中国各地举办了22个特工训练班，由美国特工人员教授如何破坏日军设施，美军还为军统提供了9000余吨特工器材和武器弹药，装备了10万余名军统人员。为了破坏日伪地区的经济，由美国出技术，军统印制了大量汪伪政权的伪钞，最早甚至是在美国印刷的。军统建立的"忠义救国军"自1943年接受中美所的训练与装备后，已立于不败之地，其战斗的性质，也已经由原来的游击扩展为堂堂的阵地会战了。据解密档案，中美所前后共计歼灭日军二万四千多人，击沉日军舰艇近两百艘，炸毁桥梁两百多座。中美所还积极向伪军内部渗透，"以敌养伪，伪为我用"的策略同样被国共两党采用。利用地下组织积极吸收伪军军官入党，但并不要求他们立刻"反正"，而是"争取长期埋伏，求得将来的有利时机"。伪军给重庆提供诸多情报，譬如日军空袭情报，每次空袭军统都能第一时间得到信息，并安全转入地下。伪军还帮助军统游击队运输物资、布置地雷，协助军统运输伪钞干扰日伪地区经济等，在抗战后期，周佛海、丁默村等汪伪政权头目都被军统发展为内线，为国军成功接收东南沿海经济发达区做了准备。
