抗战结束后，中美合作所撤消，美国将中美所所有特工设备、武器装备等物资统统赠给了国民党政府，由军统接收，军统运用这批物资和训练出来的中国人员进行内战、迫害政治犯，但这些罪行并不应该计在中美合作所的账上，也非美国与中国合作的初衷。中美合作所是基于共同对日作战的出发点而建立的，作为一个跨国军事合作机构，其在反法西斯战争史上的成绩应该得到肯定。
