这一时期，梅汝璈仍然不忘国耻，首次提出政府应该研究南京大屠杀。上世纪60年代初，日本军国主义阴魂复活，右翼分子在名古屋为东条英机等7个被处死的战犯树碑立传，把他们吹捧成"殉国烈士""民族英雄"。有关部门邀请梅汝璈写一篇反驳文章，梅汝璈依据在远东国际军事法庭上掌握的材料，编写了《关于谷寿夫、松井石根和南京大屠杀事件》一文。文中写道："我觉得，为了充实历史和教育人民，我国的历史工作者对于像轰动世界的南京大屠杀一类的事件以及外寇在我国的其他残暴罪行，似乎还应该多做些调查研究和编写宣传工作……我国学术界和出版界对于这个缺陷似不应不亟谋补救，亦不应以此类调研有困难、无急需或不愉快为理由而淡然置之。"然而，随着"文革"的来临，梅汝璈的建议最终没有得到应有的重视。
1950年，梅汝璈和女儿梅小侃。
名字是中日关系晴雨表
上世纪70年代，中美关系得到改善，广播里开始有一些教英文的节目，也出版了很多学英语的小册子。梅小璈回忆，"那时候父亲就已经神志不清了。有一次我从内蒙古回京探亲，去医院看望生病住院的父亲，他睡梦中偶尔会蹦出几个英文单词，也不知道说什么。听医院的护士说，他清醒的时候偶尔会教护士们说英语，是纯正的美音。"梅小璈说，那个时候他开始意识到，父亲已走到人生的最后一个驿站。
1973年，梅汝璈在北京逝世，终年69岁。姐弟两人知道了父亲的经历后，梅小璈的母亲肖侃女士专门告诫他们："不要老去宣传你们的父亲。真正抗日的，是4万万同胞，你父亲只是完成了政府交代的任务，他从没觉得自己有什么与众不同。"梅小璈说，这是母亲的教诲，但同时一定也是父亲的遗愿。
1973年下半年，梅小璈回到北京。1977年恢复高考，梅小璈考入北京师范学院，后进入中国青年报工作，并在这一时期开始整理父亲的遗作和日记，姐姐则进入雀巢公司，后来升任高管。2003年，追随梅汝璈一生的母亲肖侃也离开了姐弟两人。现在，梅小侃和梅小璈都退休在家，梅小璈继承了父亲的遗志，从事远东国际军事法庭的研究工作，在他的努力下，梅汝璈未完成的书稿《远东国际军事法庭》以及东京审判期间的部分日记均已出版。曾有人说："梅汝璈名字出现的频率和受关注的程度，基本上是中日关系的晴雨表。"中日关系紧张时，他便被人翻出来说；中日关系缓和时，他便成为不合时宜之人被淡化。但梅汝璈曾这样评价自己："我不是复仇主义者，我无意于把日本军国主义欠下我们的血债写在日本人民的账上。但是，我相信，忘记过去的苦难可能招致未来的灾祸。"这些话语掷地有声，我们要永远铭记。
